梁山集团成立后，吴用起初想一心辅佐晁盖干一番事业，但随着与晁盖的相处，他发现晁盖并无大的胸襟眼见，最多也只算是一介武夫，江湖草莽汉子。正所谓道不同不相与谋，从那时开始，吴用与晁盖之间便有了隔阂。
宋江上了梁山后，吴用发现和晁盖相比，宋江不但声名远播人缘极好，心中更是暗藏大志，于是他便开始重视起了宋江，时刻与宋江搞好关系。但当时的梁山之主毕竟还是晁盖，吴用只能暗中见机行事。后来晁盖为了树立威信，便亲自带兵讨伐曾头市，结果却是身中毒箭，无功而返。此处联系到后来吴用在宋江坟前见到花荣时两人都是大惊，我们便能推测，晁盖身中毒箭很有可能就是吴用与花荣暗中所为，晁盖之死，吴用才是幕后主使。
晁盖死后，吴用等人将宋江推上了头把交椅，随后水泊梁山排出了108位好汉，第一是天魁星及时雨宋江，第二位天罡星卢俊义，第三位就是智多星吴用。吴用虽然排在第三位，但他在梁山的地位几乎和宋江并列，大多数时候宋江也要靠他来出谋划策。
与其说吴用是在辅佐宋江，为了梁山大业，不如说吴用这一切都是为了他自己。吴用很聪明，他知道“木秀于林风必摧之”的道理，因此宁愿做一个默默无闻的军师，实则宋江只是他的挡箭牌而已。
后来宋江喝了毒酒身亡，吴用在宋江坟前大哭一场后自缢而死，其实并非真的是为了兄弟情义，在笔者看来，其中有三个原因：
一、恨宋江。
吴用之所以“恨”，首先便是宋江死了，宋江是他的挡箭牌，被招安之后，只要宋江在，吴用和其余众兄弟就能平平安安的享受荣华富的。可宋江这棵苍天大树倒下了，梁山泊这片森林中最高最引人注意的大树便是吴用。此时的吴用好恨，他辛辛苦苦策划了这一切，最终却付诸东流，他实在有些不甘心。
二、恨宋江带走了李逵。
在吴用看来，宋江自己死了也就算了，竟然把李逵也带走了。若是李逵还活着，以李逵的脾气，吴用便有机会利用李逵集结昔日的梁山好汉，打着为宋江报仇的名义，东山再起，随后自己做老大。但宋江似乎预先想到了这一切，先让李逵喝了毒酒，断了吴用等人的后路。
三、无奈。
