洞内外温差可达70度
工人中流传着这样一句顺口溜：“风吹石头跑,四季不长草，一步三喘气，夏天穿棉袄”是雀儿山气候的生动写照，极端天气下洞口室外气温可达零下40度，极寒，也是雀儿山隧道施工面对的一大困境。
进入冬季，隧道内因为机械设备做功，温度可达到30多度，与室外形成近70多度温差，可以说是“冰火两重天”。特别是混凝土等，在低温环境无法达到施工标准，存放混凝土的设备下方都偶有类似于“地暖”的设备，保持材料在20度左右。
物资人力匮乏，后勤给养“跟不上”
项目施工中，许多材料需要从900多公里外的成都采购，中途要翻过多座海拔4000米以上的高山，沿途多是施工路段，交通状况极差。恶劣的交通条件，直接带来了物资人力匮乏以及后勤给养输送困难——在最初的日子里，施工人员所需要的生活物资大部分依靠成都输送。后来交通改善了，一部分物资才由德格输送。
施工5年，选线勘探5年——“十年磨一剑”
雀儿山隧道的选线也是一大难题——毕竟海拔定高了，不仅容易被积雪封路，隧道缩短路程的作用会被缩小，适得其反;选低了，又会增加隧道的长度，加大施工难度。
所以，工程师们亲自勘探，翻越雀儿山，采集数据后，设计了2公里、4公里、7公里等多个方案，并在多个预选方案中的进口、出口处，分别建立了气象观测站，用一年的时间观测、记录不同海拔高度四季的气象要素数据，并根据记录推测、模拟极端气候的实况。
最终，设计团队把隧道长度定在7公里，把雀儿山隧道进口处设计在海拔高度4373米的位置，把出口处在海拔4250米的位置。隧道呈现中间高、两边低的形态，这样设计主要是为了防止隧道积水，以及因积水导致隧道结冰。工程师们将隧道口选在了山脊处，利用自然地形，避免山顶雪崩、积雪封住洞口。
虽然雀儿山隧道建设工期5年，但从设计开始，经过项目调研、地质勘探、气象观测、隧道测设等研究足足耗费了10年时间。
正在施工的挖掘机
高原缺氧
前面提到高原反应，雀儿山隧道口平均海拔4200多米，空气中氧气含量相当于平原的58%，而隧道深处氧气含量低于平原的53%。为了提升隧道中的氧气浓度，施工单位采用了设置氧吧、设置供氧管道、在通风管内掺加氧气、随时携带氧气瓶等多种方式。
不过，即便有了上述措施，依旧不够保险，毕竟长期高原作业对于员工的身体影响非常大，最初时候是一年一次休假，但在体检后发现，不少员工血红蛋白严重超标，于是调整为半年一次休假。而且还建设了娱乐室，温泉浴室(隧道出口不远的处有温泉)等附属设施，保障施工人员的身心健康。
