不仅建造年代不明，就连龙游石窟的建造成因、用途是什么，依然也是现在难以破解的千古之谜，加之石窟规模非常庞大，每座石窟都犹如一处地下奇观，因此龙游石窟也被当地人誉为与金字塔、兵马俑一样的“世界第九大奇迹”。
目前，在这众多的石窟中一共有5个洞窟可以供游客参观，并命名为“五大谜窟”，每一座洞窟的大小也不一样，其中面积最小的是1号谜窟，最大的为4号谜窟。图为2号谜窟，也是众多洞窟中采光最好的一个，粗大的石柱子支撑着这座洞窟使其不倒，抬头仰望，给人的感觉格外的宏伟壮观，令人叹为观止。
在1号谜窟的石壁之上发现了一组动物的雕刻图案，动物分别是鱼、马和鸟三种动物，“鱼马鸟”动物雕刻图案到底寓意着什么？至今仍是未解之谜，这组石壁雕刻也是目前这5个石窟中唯一的一组图案。
关于龙游石窟的用途众说纷纭，有人认为这是一处地下陵墓，但在石窟中并未发现任何的陪葬品；有人认为这是之前用于屯兵的地方，但石窟采光条件很差，而且一旦被发现几乎面临全军覆没的危险；甚至还有人认为这里与外星文明UFO有关系……不过，现在大多数人认为这是古人采石而留下的石窟。
