宝塔的建筑模式分上下两部分，以青砖和青石砌就而成的基础塔便是塔座，塔座之上自然是五座宝塔，五塔分别表示五方佛主。类似结构的宝塔国内不少，但是论其造诣，五塔寺首当其冲。
塔座高7.7米，南北长18.6米，东西宽15.73米，建于50厘米高的地基之上。塔座的周边四面佛龛遍布，每龛供佛两尊，全塔共有1561尊佛像，除手印及装饰不同外，号称千面一像，做工精美。
银杏树是中国寺庙的标配，塔前的两棵与塔同龄的银杏树自然也是独树一帜，郁郁葱葱、果实紧累，可惜的是两棵树长得太过高大，与其呼应两侧的树和石碑，几乎将塔身遮挡得严严实实。
北京石刻艺术博物馆是现在五塔寺的主要功能，汇聚着来自各地的石刻文物，其中最重要的藏品有显亲王富寿石享堂、“汉故幽州书佐秦君之神道”柱阙碑刻、汉持盾石俑、北魏太和造像、傅恒宗祠碑等。
