教堂山墙上的圣约翰头像和马耳他骑士团的十字八角徽记。
马耳他骑士团的主保圣人是圣约翰。圣约翰是耶稣十二门徒之一（注：此圣约翰St John the Apostle不是施洗者约翰John the Baptist，后者据说是耶稣的表哥）。传统上认为，约翰是《新约》中《约翰福音》、《约翰三封书信》和《启示录》的执笔者，被认为是耶稣所钟爱的门徒，天主教和东正教都公认他为圣人，故名圣约翰。
教堂其中的小堂之一。
圣约翰大教堂内共有8个小堂，供奉着马耳他骑士团8个部分的主保圣人。其中盎格鲁-巴伐利亚小堂保存了骑士团获得的圣物。教堂中最有名的艺术品是卡拉瓦乔的《被斩首的施洗者约翰》。马耳他建都者大团长瓦莱塔（Valette，首都即以他的名字命名）和其他骑士团成员也埋葬在这座教堂里。
神圣罗马帝国的双头鹰徽记。
公元1530年神圣罗马帝国皇帝查理五世将马耳他赐封给“医院骑士团”（马耳他骑士团前身），从此马耳他便留在西方的宗教世界中。
奢华的穹顶。
主祭坛的浮雕是耶稣和他的门徒圣约翰。
