以三神兽之一的水君作为主神兽
这一举动使得水君的地位超过了雷皇和炎帝，可惜的是并未因此对水君进行对战上的加强。同时，游戏对金银版中涉及的“城都地区的传说传承”进行了拓展，深化了剧情。
移动模式与幻之宝可梦时拉比（雪拉比）
在GBC平台的水晶版中，玩家可以借助一种叫“移动调整器”的周边玩具，查看其它玩家的游戏信息，并且参加战斗塔（没错，这才是游戏里最早出现的战斗塔），进入“移动模式”。在那个没有WIFI，游戏机无法联网的年代，这无疑是一大创举。
另外，玩家们可以使用移动调整器，参加当年的剧场版《时拉比的超时空之旅》激活游戏中的时拉比剧情，并进行捕捉。而这一剧情在当年国内盗版的水晶卡带里居然可以直接解锁，不得不佩服D商的黑科技。
本次发布的VC版，去除了移动调整器的要素，但作为补偿，可以在游戏通关后自然解锁时拉比剧情，可以刷出闪光，自然也可以借助宝可梦银行传送到第七代游戏中。
首次出现定点教学
提到游戏中的定点教学，恐怕很多玩家都以为是火叶、绿宝石才出现的。其实在水晶版中，玩家就可以每周三和周六，用游戏代币在黄金市学习喷射火焰、冷冻光线和十万伏特三个技能。
精灵登场时增加动作动画
这也是水晶版的一个创举。而这一特点甚至并未被之后的续作《红蓝宝石》继承，直到绿宝石才恢复。
切换地图时出现路牌提示
正式从水晶版开始，玩家进入新的城市或道路，可以看到屏幕上方出现温馨的文字提示。在这一改动出现前，估计很少有玩家能记住每条道路的序号。
