车站地下二层为轨道交通昌平线南延线和地铁19号线支线站台层及设备层，地下一层为城市通廊、高铁与地铁换乘空间、地下车库。
旅客可以实现高铁与地铁、轻轨之间的同场换乘，也可以实现公交车、出租车、私家车完美便捷换乘。
设计彰显古都古韵、新貌新颜
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清河站在设计理念上被赋予“海纳百川”之意，车站采用曲面屋顶、抬梁式悬挑屋檐等结构手法体现北京古都风貌，同时以简约有力的曲线与A型钢结构展示最新的建筑技术，凸显古都古韵、新貌新颜。
清河站西进站集散厅的主壁画定将成为“网红”打卡地。
主壁画将京张铁路与京张高铁的建设历程进行艺术化提炼与表现，站房、桥梁、隧道、复兴号、盾构机、架桥机、铺轨机等元素体现了国家科技的进步和中国铁路的飞速发展。
