后来耿卫又多次潜到湖底，并拍摄了大量照片，发布在云南《春城晚报》上，引起了人们的各种猜测，有说水下建筑是祭祀台，有说是码头，有说是古城，众说纷纭，也引起了央视和考古队的注意。
为了揭开这层神秘的面纱，中国水下考古队来到抚仙湖进行了一次声势浩大的水下考古，动用了装有全球卫星定位系统和最先进的声纳扫描仪的潜水器“蓝鲸”号，里面乘载着4个人，进入遗址所在的水域，央视进行同步电视直播。
考古队共进行了两次水下探秘，发现了大面积的石块、石墙、台阶、街道、建筑物，上面长满青苔，据乘坐潜水艇的潜水员透露，抚仙湖水下漂浮着无数的尸体，像个人体库一样，斜站着，男男女女老老少少，随着水的流动游动，看着非常恐怖。
有专家推测这座遗址可能就是古滇国国都或者古俞元县城。古滇国是古中国最神秘的三个古国之一，出现于战国初期，在云南历史上大约存在了五百年，后于西汉初年神秘消失。
