NH3结构式
非发酵臭豆腐是用臭卤水浸泡而成，臭卤水一般用苋菜作为发酵原料短期发酵，让臭卤水中的细菌、霉菌等分解豆腐中的蛋白质，使豆腐组织松弛，散发臭味。正宗的臭豆腐是指发酵臭豆腐，加工制作比较复杂。
发酵的苋菜梗
臭豆腐闻起来臭，是因为具有挥发性臭味的小分子通过鼻腔进入，被嗅觉细胞感知，并告诉我们的大脑，呐，这个闻着好臭！这种臭味小分子主要是蛋白质分解生成的氨以及含硫化合物等物质。
臭豆腐吃起来香，是因为食物在口中咀嚼时，被味蕾细胞感知，同时咀嚼过程中挥发性分子从口腔中进入鼻腔，被嗅觉细胞感知。微生物产生的蛋白酶会把蛋白质水解成部分具有鲜味的小肽和氨基酸，如谷氨酸（它是味精和鸡精的成分之一），天冬氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺（后面的几种水解产物也有鲜味），甘氨酸等（这种亲水氨基酸略有甜味），它们共同作用的结果就使得微生物发酵后的食物变得鲜美可口。
臭豆腐经过后期的油炸，在高温下挥发掉部分臭味小分子物质，并且氨基酸与糖类会发生美拉德反应（市面上在售的烧酸奶啥的就是因为同样的原理才变成褐色的），臭味减轻了，香味却提升了，因此到了消费者手中的臭豆腐已经变得吃起来很香了。
臭豆腐是营养食品还是垃圾食品？
作为发酵豆制品的一种，规范生产的臭豆腐是可以安全食用的。不仅如此，发酵后的臭豆腐反而提升了其营养价值。中国农业大学的一项研究发现，微生物发酵提升了蛋白质和矿物质的消化吸收率。并产生额外的B族维生素，包括植物性食品里没有的维生素B12。
