这是基因＋环境共同作用的结果。蛋壳主要由碳酸钙、磷酸钙及少量蛋白质构成，由于色素的参与，就有了不同颜色的鸡蛋。
蛋壳色素的主要成分有3种：①原卟啉-Ⅸ②胆绿素-IX③胆绿素的锌螯合物。①形成黄色、粉红色、淡黄色或褐色；②③呈现蓝色和绿色。这3种色素按不同比例混起来，就可以形成从紫蓝色到橄榄绿的不同蛋壳颜色。
这些色素的合成与沉积是受多个基因共同决定的，可以遗传。而鸡饲料的营养成分也可以影响蛋壳颜色，现实中常常发现蛋壳的颜色会随着饲料的改变而发生变化，尤其矿物质和维生素会影响色素的合成。此外，母鸡的年龄、疾病情况、药物和应激状态等也会影响蛋壳的颜色。
虽然不同色系鸡蛋个别物质含量有细微差别，但营养价值基本等同。鸡蛋选购过程中，挑选新鲜的就可以，不必纠结于蛋壳颜色。
