农家肥具有养分完全，生产成本低的特点，在农业生产被广泛利用，农家肥在农业生产上产生的作用化肥是不具备的。一是农家肥含有一定量矿质养分，在分解过程中能够不断提供作物所需要的养分，并产生二氧化碳。蔬菜等作物吸收农家肥产生的二氧化碳，可以促进光合作用而提高产量。二是农家肥能够改善土壤微生物的生活条件，通过微生物活动，分解和释放有效养分，同时还能够分泌酶、生长素等生物物质，有利于作物生长。三是农家肥分解产生的各种有机酸，可以使土壤中难溶性物质如磷酸盐等转化为可溶性养分，提高养分的有效性，从而发挥土壤潜在肥力的作用。四是农家肥含有大量有机质，在其分解过程中一方面矿质化，释放养分，另一方面进行腐质化，有利于改良土壤物理性质，改善作物生长环境。
农家肥养分含量少，肥效迟缓，当年利用率低，因此，在作物生长旺盛，需要养分最多的时期，单独施农家肥往往不能及时供应养分，必须配合施用化肥，才能获得高产。而单施化肥，成本高，作物虽然能够获得高产但是不稳定，长期施用还会导致土壤理化性质的恶化，最终影响作物产量和品质，所以，农家肥与化肥的配合施用，可以起到取长补短、缓急相济的作用。
