有些农户大量施肥、集中施肥，而根系吸收能力有限，也就造成过多的化肥被土壤固定成不可利用的状态。
2、土壤板结
据统计，农田当季不能被吸收的氮素约有50-60%进入水体、大气，直接导致水体富营养化，引起藻类疯长、水质恶化、水生生物的死亡；残留在农田中，致使土壤板结变硬，有害生物、病菌严重繁衍；渗入地下，造成地下水大面积硝态氮超标。
我国肥料工业特别是改革开放30年以来，发展十分迅速，但是高投入的背景下，土壤质量已经严重下降。土壤团粒结构被打破，酸碱失衡，失去了保水保肥能力，致使化肥流失严重。
如何提高肥效？
在合理用肥的情况下，要想提高肥料只有改善土壤条件和根系吸收能力。只有从根本下手，才能解决肥效利用率问题。因此要投入有机肥、微生物肥。
比如在化肥当中，氮肥利用率为25%-40%，磷肥为20%左右，钾肥可达30%以上；但是在有机肥中，氮素利用率一般为10-30%，磷素为30-50%，钾素为60-90%。
这说明在单施化肥和有机肥搭配化肥的情况下，后者利用率更高。
为什么？
①增强保水保肥能力
这是因为菌肥当中的有益微生物、有机质，在活动过程中能够促进土壤团粒结构的形成，打破土壤板结，增强土壤透气性。同时有益菌繁殖，就能抑制土壤有害微生物聚集。通过这些作用就能增加土壤的保水能力。上面也说了，在一定的田间持水量范围内，肥料利用率随土壤水分减少而降低；随着土壤保水能力提升，利用率也就提升了。
同时保肥能力提升了，也就能防止肥料流失。
据统计：土壤中的有机质下降1%，土壤的保肥能力将下降28%；土壤有机质增加1%，土壤保水能力增加3倍。
②提高营养元素转化
不能利用的肥料会被土壤转化为有机态，而施入土壤中的微生物，能将有机态再转化为无机态，供给植物吸收利用。
比如微生物与难溶性磷肥反应，增加磷的溶解度，从而提高磷肥利用率。
③增强根系吸收能力
可以说作物好不好，主要还是在根系，如果根系出了问题，整个植株就会呈现亚健康状态。
丰富的有机质可以提高植物根系的呼吸能力，丰富的有益微生物能提高植株的抗逆能力。比如用普通方式育苗再移栽，苗子扎根较难；但是用有机肥、菌肥育苗后再移栽，苗子扎根容易、存活率更高。
这就是因为有机肥和微生物增强了根系的吸收能力和抗逆能力，使根系在陌生土壤环境中也能扎根。
总之，化肥营养元素单一，有机肥、菌肥营养元素更全面，搭配使用，可使土壤孔隙度增加，容重降低，蓄水能力和土壤团聚度、水稳性增加，达到改善土壤理化，提高地力之目的。
但是在搭配和使用时要引起注意。菌肥不要与碱性的肥料混合使用；有机肥和菌肥也不要浅土撒施，最好施入到耕作层，这样才能起到改良土壤的效果。
