绿肥种类十分多样，按植物学可分为豆科绿肥和非豆科绿肥。豆科绿肥，如紫花苜蓿、三叶草、大豆、豇豆、绿豆、紫云英等，根上有根瘤菌共生，可以固定氮肥，提高土壤肥力。而非豆科绿肥作物更多，既有可以菜肥兼用的十字花科白菜、油菜、萝卜等，菊科的生菜、茼蒿等以及藜科的菠菜等；也有药肥兼用的万寿菊、金光菊等，甚至玉米、大葱等也可以作为绿肥作物。当然，不同条件的大棚内，适宜种植的绿肥作物也是不同的。
选择方法
首先，种植多年的老棚，土壤问题突出，尤其是大量施用化肥、重茬种植，导致土壤板结、盐渍化严重，影响蔬菜的正常生长。一般适宜选择吸肥能力较强、具有解磷、解钾作用的菠菜、玉米等，缓解盐害，或者可以种植油菜、茼蒿、生菜、苜蓿等，不但可以作为绿肥或者禽畜饲料，还可以作为蔬菜出售提高收益。另外一部分老棚根结线虫、蝼蛄等病虫害发生严重，此时可以选择具有一定*虫抑菌作用的万寿菊、除虫菊等。
其次，刚建的新棚。有的新建大棚为下挖式结构，有些甚至下挖超过1.5米，原耕作层被完全破坏，现有的土壤全部为生土，土壤有机质含量低，微生物少，活性差，易板结。对于这样的大棚，适宜选择养分含量高、具有固氮作用的豆科绿肥，北方比较常用的有三叶草、苜蓿、大豆等。
根据绿肥种子的获得难度来选择。菜农要根据自己大棚的土壤情况，选择合适的绿肥作物，为降低成本，菜农还要考虑到绿肥种子的获得难度，菜农可自己种植一些菠菜、茼蒿、生菜等，作为自种田。一般来说，作为绿肥的作物播种量要多于正常栽培播种量，如油菜每亩用种量为1-2千克，玉米亩用种量7-10千克，菠菜亩用种量4-5千克。
根据歇茬期长短选择绿肥品种。夏季绿肥生长迅速，如种植油菜、茼蒿、菠菜等，一个月内每亩就可生产1000-2000千克的绿肥，而三叶草、金光菊、万寿菊、大葱等生长期则需要长一些。一般选择以两个月左右生长期的绿肥为好。
