PCR分几种？别再犯晕分不清了（附引物设计网站）
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聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction，PCR）是一种用于放大扩增特定的DNA片段的分子生物学技术，在生物、临床、法医甚至考古等多个领域有广泛的应用。然而，PCR 究竟分为几类？区别与联系又是什么？
一、PCR与RT-PCR
众所周知，PCR的原理是将模板DNA （template DNA）特定扩增放大的反应。模板DNA可以用基因组DNA等作为模板，也可以用RNA链逆转录（reverse transcription， RT）成为互补DNA （complementary DNA， cDNA），再以此为模板通过PCR进行 DNA扩增。一般来说，如果如果使用逆转录的cDNA作为模版，那么就可以称为RT-PCR（reverse transcription-PCR, 逆转录 PCR）。简单说，RT-PCR就是在基本PCR反应之前有RNA逆转录（RT）的过程，并以逆转录的产物cDNA进行PCR扩增。
二、那什么是 qPCR、real-time PCR？
其实 qPCR（quantitative PCR ）和Real-time PCR是一回事，都是实时定量PCR，指的是PCR过程中每个循环都有数据的实时（real-time）记录，因此可以对起始模板数量进行精确的分析。其原理是在PCR反应体系中加入荧光基团，利用合成双链DNA过程中加入的荧光信号积累实时监测整个PCR进程，因而也称为实时荧光定量PCR （real-time fluorescent quantitative PCR）。
特别注意：虽然real-time PCR和 reverse transcription PCR（反转录PCR）英语语法上都可以缩写为RT-PCR，而且文献中出现频率都不低。但是，国际上的约定俗成的是：RT-PCR特指反转录PCR，而real-time PCR一般缩写为 qPCR（real-time PCR➡quantitative real-time PCR➡qPCR）。这一点不仅中国科研员偶有混淆，外国科学家也有很多分不清。
三、什么是 qRT-PCR？
quantitative RT-PCR中间的“RT”是 reverse transcription（逆转录）的意思，。qRT-PCR指的是 qPCR RT-PCR的组合，是说将mRNA逆转录为cDNA后再作为模板进行实时荧光PCR分析。同样的，因为qPCR=real-time PCR=quantataive real-time PCR,所以qRT-PCR=RT-qPCR(reverse transcription qPCR)=RRT-PCR(real time RT-PCR,这种缩写比较少见)。
简单说，小李个人认为，RT-PCR是从反应模板的角度命名，即模板是否为逆转录（RT）生成的cDNA； qPCR是从方法的角度命名，即该方法是否能够实时定量，两者不是互斥概念，二者结合就是qRT-PCR。
四、除了qRT-PCR外，RT-PCR是否可以定量？
其实PCR的产物都可以用两种方法定量：一种是real-time PCR，即实时定量PCR（qPCR）；另一种是End-point PCR，即终点定量PCR终点定量PCR是在PCR反应结束后通过对产物染色、获取照片后分析、定量的方法。由于步骤繁琐，主观性强，定量不准确、不能实时监控等缺点，在qPCR技术出现后已被逐渐取代，而qPCR则是目前为止最有效、最灵敏的核酸检测金标准方法。
重点总结：
1. RT-PCR是逆转录PCR，一定涉及RNA逆转录成cDNA的过程；
2. 检测RNA表达含量的PCR一定是RT-PCR的一种；反之，如果模板不是RNA转录成的cDNA，切忌写成RT-PCR;
3. real-time PCR的缩写不是RT-PCR，而是qPCR,中文名称是实时定量（荧光）聚合酶链式反应；
4. qPCR、real-time PCR、quantataive real-time PCR三者等同;
5. quantataive real-time PCR 不能缩写成qRT-PCR;
6. qRT-PCR、RT-qPCR、RRT-PCR三者等同，既属于RT-PCR，又属于qPCR。
最后，分享几个PCR中好用的网站
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene 美国国立生物技术信息中心基因网站，查询基因序列的权威网站。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi 美国国立生物技术信息中心引物设计的网站，优点是功能强大，缺点是页面复杂，需要较长时间学习。
http://www.genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?command=start
http://bisearch.enzim.hu/
两个机构的网站，数据可能权威性不足，仅供参考。
此外 Oligo 6.0和Primer 5.0 是目前常见的两个引物设计软件。
参考资料：
1. Rajeevan MS, Vernon SD, Taysavang N, Unger ER (February 2001). "Validation of array-based gene expression profiles by real-time (kinetic) RT-PCR". J Mol Diagn. 3 (1): 26–31. doi:10.1016/S1525-1578(10)60646-0. PMC 1907344.
2. https://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction
3. https://www.biomart.cn/experiment/430/457/463/240494.htm
