游戏中玩家将变成口袋妖怪进入口袋妖怪的世界中,为了寻找原因与恢复的办法,玩家与同伴组成救援队,接受来自其它口袋妖怪的委托,在不可思议的迷宫中展开冒险。
GBA版赤之救助队与NDS版青之救助队可以进行单机联动,可以进行互相救助,同时也可以互相传送道具。但由于NDSi及后续机种因没有GBA卡槽,因此无法与后续作品联动。
游戏中,当玩家被打败时,可以选择等待救助,系统自动生成一串救助码,之后可以将救助码交给其他玩家进行救助,待其他玩家救助完毕可以获得救助完成码,将该密码输入到被救助的游戏中即可使其主角复活,这也是不可思议迷宫系列的经典设定。