《口袋妖怪不可思议的迷宫：时之探险队·暗之探险队》是一款双版本的NDS平台口袋妖怪游戏，同时也是口袋妖怪不可思议的迷宫系列的第二作。而《口袋妖怪不可思议的迷宫：空之探险队》是前作的第三版本，同时也是本系列的第三作。
在时之探险队·暗之探险队中，第四世代为止已公布的全部491种口袋妖怪都能成为玩家的伙伴，而与前作一样，玩家的口袋妖怪伙伴想要进化，除了要满足进化条件外，还需要到特殊地点才能进化，同时部分进化方式也有相应的改变，比如需要LV28后通讯交换才能进化成怪力的豪力，只要LV28后背包里有通讯电缆就能进化。
而空之探险队则在时之探险队·暗之探险队的基础上，新增了主角可变成的口袋妖怪种类，同时还在游戏中增设了可以播放音乐的新道具“空之音乐盒”、新主要地点“晃晃斑的果汁柜台”、一批全新的迷宫地图，以及队伍口袋妖怪“体型限制”、迷宫中的“秘密集市”等新系统。
《口袋妖怪不可思议的迷宫：前进!炎之冒险团·岚之冒险团·光之冒险团》是2009年8月在Wii平台的WiiWare上推出的三重版本游戏，同时也是《口袋妖怪不可思议的迷宫》系列第四作。
炎之冒险团·岚之冒险团·光之冒险团囊括了前作的所有口袋妖怪外，还新增了空之探险队特有的洁咪以及未在前作登场的阿尔宙斯，令游戏中登场并可招募为伙伴的口袋妖怪种类达到493种。
本作还调整了游戏中口袋妖怪的进化系统，只要口袋妖怪满足进化条件，不需要再前往特定地点就能够直接在迷宫中完成进化，同时敌人在击倒冒险团团员后还会无视进化条件直接进化。
本作炎之冒险团·岚之冒险团·光之冒险团三个版本玩家可以选择作为主角和搭档的口袋妖怪完全不同。虽然三个版本各自拥有不同的风格，但冒险基地的建筑物都是一样的。至于三个版本的剧情及初关键人物虽然相近，但迷宫则完全不同。同时，游戏中最大可招募的神奇宝贝数量和袋龙阿姨仓库的容量根据拥有的游戏版本数量变化，拥有全部3个版本时最多可以招募552只神奇宝贝，袋龙阿姨仓库容量为1000个道具。 本作是系列游戏中唯一主角不是从人类变化成为神口袋妖怪的一作，同时也是唯一没有发布国际版的一作。
2011年11月23日在日本发售的《口袋妖怪不可思议的迷宫：极大之门与无限迷宫》是本系列第五作，同时也是系列首次登陆3DS的一作。
