常见有恶心、呕吐、腹泻、上腹部不适等胃肠道反应。个别还会发生药疹、伪膜性肠炎等；如果长期应用可能导致菌群失调、维生素缺乏或二重感染。长期应用可能会导致血尿、精神异常、听力减退、迟发性变态反应、过敏性休克、排尿困难、药物性溶血、心率失常等一些罕见的不良反应。
1，与苯妥英钠合用，头孢可以延缓苯妥英钠在肾小管的排泄。
2，与保泰松合用可以增加肾毒性。
3，与强利尿剂合用可增加肾毒性。
特别注意：对头孢菌素过敏者及有对青霉素过敏性休克者应该禁用头孢类药物。
孕妇及哺乳期妇女慎用头孢类药物，因为该药品可以通过胎盘屏障进入胎儿血循环，也可以进入乳汁，因此孕妇、哺乳期的妇女慎用！
头孢克肟胶囊头孢克肟有颗粒及胶囊分散片、干混悬剂等多种剂型，为口服用药的第三代头孢菌素类抗菌消炎药物；适宜用于治疗敏感菌所致的呼吸、泌尿和胆道等部位感染的治疗用药。头孢克肟对治疗革兰隐形杆菌的抗菌作用强于第一代和第二代头孢菌素药物，对革兰阳性球菌抗菌作用不如对一代和第二代的头孢菌素。
头孢克肟的临床应用：
A：适用于支气管炎、肺炎等呼吸道疾病。
B：适用于治疗肾盂肾炎、膀胱炎、尿道炎等生殖道的感染。
C：适用于胆囊炎、胆管炎治疗。
D：其他治疗还可以适用于中耳炎、鼻窦炎、猩红热等。
临床上应用头孢克肟药物的不良反应多数是短暂或者轻微的反应。常见的不良反应有：
a：过敏反应：常见的有皮疹、荨麻疹、红斑；少部分患者可能出现瘙痒、发热、水肿、呼吸困难、全身潮红、血管神经性水肿及过敏休克等。
b：胃肠道反应：其实很多口服药物常见有胃肠道的反应，头孢克肟常见的胃肠道反应有腹泻、胃部不适，少部分患者可能会出现胸部烧灼感、食欲下降甚至没有食欲、恶心、腹痛、腹胀、便秘及菌群失调所致的口腔炎、口腔念珠菌症（即口腔溃烂）、假膜性肠炎等。
c：常见的呼吸系统反应，发热、咳嗽、呼吸困难、胸部X线异常、间质性肺炎等。
d：血液系统反应：可见嗜酸性细胞增多，少见粒细胞减少、溶血性贫血、血小板减少等。
e：肝脏损伤：常见丙氨酸氨基酸转移酶、天门冬氨酸氨基转移酶及碱性磷酸酶升高，少见黄疸。
