到了清末，已失去外东北的清朝，于光绪三十三年（公元1907年）设置吉林省，省会依然放在吉林市。但吉林市的省会地位在1898年就不是那么稳固了。为什么呢？沙俄控制外东北后，于1891年开始修建西伯利亚铁路。但从赤塔到海参崴，需要往北沿着黑龙江（河流）以北，再沿乌苏里江向南至海参崴，费时费力。如果从赤塔和海参崴之间取一条直线修铁路，能节省大量成本，同时还能增强沙俄对“内东北（我国东北地区）”的渗透力度。沙俄占领外东北只是第一步，他们最终的目的是完全控制东北地区。
图-东北亚铁路线
清末国势衰败，根本无法阻止沙俄修中东铁路。中东铁路修建的同时，还有一条铁路开始修建，就是从大连到哈尔滨的哈大铁路。中东铁路建成后，哈尔滨处在“丁字路口”，从哈尔滨往南直通大连。在这种情况下，吉林市就远离了“火车一响、黄金万两”的铁路，而且是两条铁路都不靠，优势顿失。修建铁路前不显山不露水的长春，正好处在哈大铁路线上，这相当于京广铁路不走当时的河南省会开封，而走郑县。郑县有了京广铁路的加分，逐渐发展成现在的国家中心城市郑州，开封则落寞了很多。因为哈大铁路，长春发展的速度非常快，日本占领东三省后成立伪满洲国，伪首都自然就放在了长春，因为吉林市没有铁路优势。
图-长春
也是因为铁路的原因，1954年，吉林省的省会正式从吉林市迁到了长春。
