（File.254 迷惘的心）
灰原对柯南说，杯户城市饭店的会场中除了皮斯克，还有另一名成员，这个人向组织报告称她可能变成了小孩，组织得知后便从这方面入手调查，最后发现了她的藏身之处。组织表示可以让她重新回到组织研究A药，条件是*掉柯南，博士，平次，工藤夫妇这些知道A药作用的人，因此她前来除掉柯南。然而灰原扣动扳机后，从枪口出来的却不是预想中的子弹。
（File.255 不速之客）
原来这是一出恶作剧，为的就是给柯南打预防针。如果柯南将身份告诉小兰，万一身份暴露，小兰也在劫难逃。为了解决柯南此时的身份危机，灰原给了他三个选择：继续隐瞒、将真相全部道出、以及吃下她刚研制的解药，暂时变回工藤新一在即将到来的学园祭上露面，而她则变装成柯南，使新一柯南同时出现，打消小兰的怀疑。
柯南最终选择吃下解药，在学园祭上与小兰会面。小兰在学园祭上扮演公主，原先扮演黑衣骑士的是新出医生。恢复了原来身体的新一代替新出医生扮演了黑衣骑士，出现在大家面前，消除了小兰对柯南的怀疑。
（File.257 冒死复活）
学园祭举行的时候朱蒂也在现场，并拍摄了大量照片，其中就包括新出医生的照片。在此之后朱蒂与新出取得联系，称有坏人打算扮成她的样子干坏事，打算送他和他的家人前往美国避一避风头，新出医生同意了。
安置好新出医生后，FBI在贝姐眼前制造了新出医生及其家人遭遇意外死亡的假象，贝姐顺理成章地顶替了新出医生的身份，并对新一和雪莉展开调查。
对新一的调查很快就有了结果。由于知道A药的作用，又见过小时候的新一，贝姐很容易就锁定了毛利侦探事务所的小男孩柯南，他就是吃了A药变小的新一。贝姐偷拍了柯南和小兰的照片，分别在照片上写下“Cool guy”与“Angel”，将它们与打了“×”的雪莉的照片一并贴在飞镖盘上。
（File.340 采摘苹果之时）
对雪莉的调查则进展缓慢，不过在完成对新一的调查后，贝姐意识到，雪莉可能和新一一样，吃了A药变成了小孩子，在杯户饭店事件中通过某种方式恢复了原来的身体。这样一来，雪莉如何从组织的毒气室中逃脱也有了答案。根据这个猜测，小学可能也是雪莉藏匿的场所，于是贝姐将小学也纳入到调查范围中。碍于FBI的监视，贝姐无法对小学展开大规模调查，因为这样可能会向FBI暴露药物的作用。不过即使如此，仍然可以进行一定的展开，贝姐利用新出医生兼任帝丹小学校医的身份，对帝丹小学进行内科检查，以调查是否有长得像雪莉的小孩子，不过那一天灰原请假，逃过一劫。
然而，贝姐的一举一动都处在朱蒂的监视之中。朱蒂曾前往新出医院探查情况，发现了飞镖盘上的三张照片。朱蒂知道打了“×”的照片是贝姐想要找到并*死的对象，但不明白柯南与小兰照片上“Cool guy”与“Angel”的含义。
于是，朱蒂开始接近柯南和小兰。一天放学后，柯南，小兰和园子在游戏厅中偶遇朱蒂老师，朱蒂正式登场。朱蒂称自己来到日本当老师是为了玩到有趣的电玩，真实情况怎能轻易地说出来呢。
