不过，双离合变速箱也并非没有缺点，低速换挡顿挫、故障率高也是深受用户抱怨。双离合变速箱有干式和湿式两种，大众之前故障率比较高的大部分都是代号DQ200的干式双离合变速箱。这是因为干式双离合变速箱是通过多片金属摩擦片来进行动力传输，摩擦片被压得越紧，传动比例就越高，但是在低速状态下，变速箱频繁换挡很容易造成离合器过热，导致车辆抛锚。
而现在大众广泛使用的代号DQ381的湿式双离合变速箱基本不会出现这样的问题，因为它的离合器浸泡在变速箱油里，通过变速箱油液进行散热，故障率自然也就低多了。不过，在动力响应和传递效率上，湿式双离合变速箱就不如干式双离合变速箱了，毕竟多了一层油液，没有直接传递来的那么痛快。
为了解决双离合变速箱的换挡顿挫问题，还有一些车企另辟蹊径，例如本田为旗下的8DCT变速箱加入了液力变矩器。虽然在一定程度上缓解了双离合变速箱的换挡顿挫问题，但是动力传递却没那么直接了，变速箱的体积也增大了不少，使得使得双离合变速箱原本体积小、传动直接、动力损耗少的优势被削弱了，算是有得有失吧。
