由于各种复杂的原因，多年来，各地普遍存在一些存量违法用地，也称历史遗留问题，而且量大面广。没有合法用地手续，还能长期占有使用，也有的私下转让，看似占了便宜，但不能办理土地抵押，不能正常进入土地二级市场，尤其是允许集体经营性集体用地入市后，没有合法用地手续的，会被排斥在公开市场之外。
对违法用地的处理，主要有三种方式，一是拆，二是补，三是挂。之所以存在大量历史形成的违法用地，主要是各地出于各种原因，一直没拆除（或没收），也没补办用地手续，有的可能罚了点款，就那么占着用着，但一直在账上挂着。
对如何处理存量违法用地，国家给出的主要政策和办法：一是通过补办用地手续和确权登记合法化；二是对在农村乱占耕地建房专项整治中摸底排查、登记上账的存量违法用地问题，提出试点先行，分类分步，稳妥处置，没要求各地对存量问题开展大规模、大范围集中整治，当前主要工作重点是管住新增，遏制增量。
在如何补办用地手续和办理确权登记方面，针对不同时期，国家已出台了一些政策规定，各地也有一些具体政策。
重要提醒：对乱占耕地建房、违反生态保护红线管控要求建房、城镇居民非法购买宅基地、小产权房等，不得办理登记，不得通过登记将违法用地合法化。
最新政策规定
01
综合考虑相关文件要求
2022年9月23日，自然资源部印发新修订的《自然资源违法行为立案查处工作规程（试行）》（点击查看）。新《规程》4.3.3 部分提出：承办人员应当在证据认定和事实认定的基础上，严格依照法律法规的规定，综合考虑历史遗留建筑物处置等有关文件要求，提出处理建议。
这里需要关注的是：“综合考虑历史遗留建筑物处置等有关文件要求”。本着依法依规、实事求是原则，在近年来开展的“大棚房”、违建“别墅”、农村乱占耕地建房、自建房等专项整治以及农村集体建设用地和宅基地确权登记中，为避免造成社会财富浪费，防止简单粗暴、一拆了之，国家出台了一些政策性文件。在执法办案中，对涉及历史遗留建筑物的处置，要综合考虑，既要依据法律规定，也要参照相关政策文件，妥善处理。
这也就是说，过去盖的房子，虽然用地不合法，但应区分不同情形，分类处置，有的可以补办用地手续，有的可以暂时保留几年，当然，有的必须拆除或没收。所以，一定要学习研究相关政策文件。
对2013年以来至2020年7月3日之前形成的存量农村乱占耕地建房问题，目前国家正在开展整治试点，试点结束后，会出台新的处置政策。就目前而言，不能再继续顶风违法占地建房，对新增问题，实行“零容忍”，谁胆大，马上拆！（推荐阅读：一图读懂：农村占用耕地建房须知）
02
不能翻新翻建
2021年11月26日，自然资源部办公厅印发的《土地卫片执法图斑合法性判定规则》（点击查看）规定，对《土地管理法》颁布实施后，在未经审批或无合法权源的建设用地上翻新、翻建、新建行为认定为新增非农建设违法用地。
通俗解释，就是要倒追35年。从1987年以来，如果你使用的土地至今没有合法手续，也没有通过补办和确权登记合法化，那就只能维持现状，屋顶漏了不能补，快塌了也不能推倒新建，否则，一旦被卫片发现，后果很严重，也非常麻烦。（推荐阅读：多年的小厂子，如果翻新翻建，被卫片发现，小心被拆除！）
简单说，只要你所占土地一直未取得合法用地手续，现在最好的选择是：别动！
10月21日，河北公开通报了11起农村乱占耕地建房典型案例，其中两起就是属于翻新翻建的。（推荐阅读：河北公开通报11起乡镇对乱占耕地建房监管不力和弄虚作假问题）
唐山市路北区韩城镇对翻修车间用地监管不力问题。2022年5月，河北佰烨芳晟工程建筑有限公司因车间房顶损坏进行翻修，2022年6月被国家卫片监测发现，其翻修车间违法占用唐山市路北区韩城镇后城河村耕地1.05亩。韩城镇对由于翻新翻建等形成的新增违法用地相关政策规定宣传不到位，未采取有效措施及时制止，目前尚未消除违法状态。
安平县西两洼乡对翻建车间用地监管不力问题。2021年12月，金扬烟花爆竹有限公司厂房因原车间损坏进行翻建，2022年5月被国家卫片监测发现，其翻建车间违法占用安平县西两洼乡南两洼村集体土地6.79亩（其中耕地1.79亩）。西两洼乡对由于翻新翻建等形成的新增违法用地相关政策规定宣传不到位，未采取有效措施及时制止，目前尚未消除违法状态。
03
“三调”是建设用地？
现在有一种较为普遍的现象，就是有的过去占的是耕地，但在土地调查中被认定为建设用地，特别是在“二调”和最新的“三调”中被调查认定为建设用地，这样就代表“合法”了吗？答案是否定的。
“二调”和“三调”属于土地现状调查，行话叫：所见即所得。也就是说，调查时现状是什么地类，就调查为什么地类，种了庄稼，就是耕地，盖了房子，就是建设用地。这样调查认定的“建设用地”就分成了两种，一种是有合法来源的，一种是没有合法来源的。没有合法来源的建设用地，是指没有经过征收转用和审批登记，但在土地调查中按现状用途变更的建设用地。（推荐阅读：“二调”和“三调”都是建设用地，能翻建吗？）
对“三调”是建设用地，但没有合法来源的，如果由于新建、翻建、扩建等被国家卫片监测发现，在认定地类时，要向前追溯，一般追到“二调”时的地类。如果“二调”是耕地，那就按耕地认定和处罚；如果“二调”是建设用地，不再考虑是否有合法来源，就按建设用地认定和处罚。还是一种情形，如果“二调”是建设用地，但“三调”被调查认定为耕地，那就按耕地认定和处罚。（推荐阅读：如何认定无权源建设用地地类）
分阶段处理政策
01
补办用地手续问题
原国土资源部印发的《关于深入推进城镇低效用地再开发的指导意见(试行)》(国土资发〔2016〕147号)（备注：此件有效期5年，已失效）。
2022年8月2日，自然资源部印发《关于积极做好用地用海要素保障的通知》（点击查看）提出：建设项目使用城镇低效用地的，可以继续按照《关于深入推进城镇低效用地再开发的指导意见（试行）》（国土资发〔2016〕147号）有关规定执行。（推荐阅读：这个文件还有效：《关于深入推进城镇低效用地再开发的指导意见》）。这个文件提出：
用地行为发生在1986年12月31日之前的：由市、县人民政府土地行政部门出具符合土地利用总体规划的审核意见书，依照原国家土地管理局发布的《确定土地所有权和使用权的若干规定》进行确权后，由市县人民政府办理土地确权登记发证手续。
用地行为发生在1987年1月1日至1998年12月31日之间的：符合土地利用总体规划，已与农村集体经济组织或农户签订征地协议并已落实，且未因征地补偿安置等问题引发纠纷、迄今被征地农民无不同意见的，依照1988年修订的《土地管理法》有关规定，落实处理(处罚)措施后按土地现状办理征收手续。
用地行为发生在1999年1月1日至2009年12月31日之间的：符合土地利用总体规划，已与农村集体经济组织或农户签订征地协议并已落实，且未因征地补偿安置等问题引发纠纷、迄今被征地农民无不同意见的，按照1998年修订的《土地管理法》有关规定，缴纳耕地开垦费和新增建设用地土地有偿使用费，落实处理(处罚)措施后办理土地转用征收手续。
（推荐阅读：补办用地手续，补还是不补，是个问题）
