除了机身按键控制，还配备专用遥控器，功能还是比较丰富的，可以进行音量调整、模式切换、音效调整、声音校准等操作。
不仅如此，JBL BAR 1000还支持手机APP控制，通过手机端的“JBL One”APP能对回音壁进行各种设置操作，方便用户根据需要进行个性化定制。
通过手机APP可以调整高中低音均衡效果、后置扬声器音量、声音校准、音频同步、设置网络、软件更新等。其中还内置模拟遥控器，按键功能和实体遥控器保持一致，当找不到遥控器时可以应急使用。
另外通过手机APP还能添加音乐服务，不过目前都是国外软件，建议后期可以增加些国内软件。在开始使用前，还需要进行音频校准操作，可以根据房间结构布局，自动匹配最优的3D环绕音效，让回音壁获得最佳的声音体验。
