娃哈哈的组织结构是一个民主与集权相结合的体系。
在作出决定之前，民主应该得到充分发展，以便每个人都能充分表达自己的意见。公司在广泛听取各种意见的基础上做出决策。作出决定后，要求各环节必须认真执行。
公司实行总经理负责制。总经理有一支钢笔。党委参与企业决策，在政治上起着核心作用。这种领导体制类似于娃哈哈文化中强调的高效率和执行力的概念。
娃哈哈的组织结构非常扁平。总经理直接控制所有部门和分支机构，没有任何中间环节。总经理对各部门、分公司实行分级授权管理，各部门、分公司直接对总经理负责。这种组织结构也服务于强调效率和执行力的文化理念。
