1、科属不同
黄鳝和泥鳅的科属不同，黄鳝属于动物界合鳃鱼目、合鳃鱼科、黄鳝亚科、黄鳝属鱼类，而泥鳅为动物界鲤形目、鲤亚目、鳅科、花鳅亚科、泥鳅属鱼类。
2、形态不同
黄鳝和泥鳅形态不一样，黄鳝体长偏大，头长而圆，外形细长呈蛇形，体前圆后部侧扁尾尖细，头部明显比身体略粗，且口大端位，上颌稍突出，唇颇发达。
泥鳅形体小细长，外形为长圆柱形，尾部侧扁，口下位呈马蹄形，体背及背侧灰黑色并有黑色小斑点，背鳍和尾鳍膜上的斑点排列成行。
3、分布不同
黄鳝和泥鳅的分布不同，黄鳝广泛分布于全国各地的湖泊、河流、水库、池沼、沟渠等水体中，主要以珠江流域和长江流域地区为主，国外主要分布于泰国、印度尼西亚、菲律宾等地。
泥鳅在中国分布更广泛，除青藏高原和西藏林芝地区外，全国各地水田、池塘、湖泊和水库等天然淡水水域中几乎均有分布，主要以长江和珠江流域中下游为主。
4、习性不同
黄鳝属于热带及暖温带鱼类且适应能力强，白天喜欢在多腐植质的淤泥中钻洞或在堤岸有水的石隙中穴居，主要以小动物为食，性贪，夏季摄食最为旺盛。
泥鳅则喜欢栖息在静水底层，环境适应力强，常在湖泊、池塘、沟渠和水田底部等富有植物碎屑的淤泥表层出没，最适合的水温为25-27℃，一般在晚上捕食浮游生物、水生昆虫等水生高等植物碎屑及藻类，不仅可以用鳃和皮肤呼吸还具有特殊的肠呼吸功能。
5、营养价值不同
黄鳝肉质细嫩，富含蛋白质、脂肪、钙、磷、铁、硫胺素、核黄素、尼克酸等，具有“小暑黄鳝赛人参”的说法。
泥鳅味道鲜美，富含蛋白质但脂肪较低，即能作为美味佳肴又是大众食品，具有降脂降压功效，有“天上的斑鸠，地下的泥鳅”和“水中人参”的美誉，价廉物美。
