虽然这种灭鼠方法，在未来有可能成为人类防治有害生物的新途径，但是从目前的科学技术发展以及人类文明的进程看，基因编辑技术应用到动物身上，还带有很多伦理和社会方面的问题。
就像此前人们热议的“转基因”蚊子问题，虽然出发点是好的，但是通过若干次小范围的试验，发现了通过这种方式改变基因的蚊子，出现了更强的耐受性，而且与其他蚊子繁衍出的后代，生存能力依然很强，这与当时科学家们的希望大相径庭。
同样地，对老鼠实施基因编辑，或许也会面临同样的问题，会不会让那些接受实验后的老鼠，产生更多的基因变异？这样的老鼠与“土著”老鼠繁衍出的后代，是否会有更强的耐受性？搞不好，整出个“超级老鼠”新的种群，对人类来说绝对不是什么好事。
再者来说，老鼠虽然惹人讨厌，坏事做尽，但对于自然生态系统来说，老鼠在食物链中所起的作用不容小觑，它们既承担着大量天敌食物来源的作用，同时也会吃一些小动物、昆虫以及野果等，再加上它们分布广泛、数量众多，在维持区域生态平衡、促进生态系统物质和能量顺畅流动方面有着举足轻重的作用。
假如地球上的老鼠全部灭绝了，那么不但处于食物链上层的众多动物，将面临食物短缺甚至饿死的风险，而且原本被老鼠种群压制的生物们，有可能会在短时间内大量繁衍，从而引发出新的生态问题，这种紊乱有可能在很长时间都不会恢复和稳定下来。
因此，现在人类要做的，是有效地控制老鼠蔓延、数量增长的趋势，使其对人类生产生活的影响降到最低，但措施的实施，必须要有一个前提，那就是不产生新的问题或者潜在的威胁，否则还不如不做，“转基因”老鼠就属于这样，需要充分地进行论证，切不可急功近利地去实施和推广。
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