种蛋的品质直接决定了孵化率和雏鸡的质量，所以一定要认真选择。
首先，要保证种蛋的新鲜度。种蛋越新鲜，孵化率越高，一般以产后1周内为宜，以3～5天为最好，2周内的种蛋还可以保持一定的孵化率，超过两周以上时，孵化期延长，孵化率降低，孵出的雏鸡弱小。除此之外，必须确保种蛋来自健康的种鸡群。打开种蛋时，蛋黄色素要鲜艳，浓蛋白比例要大。
其次是种蛋的外观。
①种蛋的形状和大小要合适。每个品种都有一定的蛋重要求范围，一般以55～65克为宜，超过标准范围±15%的蛋不应留作种用。
②蛋形应正常。蛋形应为卵圆形，蛋型指数（蛋的纵径和横径之间的比率）应为1.30～1.35之间，过长过圆的蛋不宜孵化。
③种蛋必须保持蛋面净洁。新鲜的蛋壳面光滑，无斑点、污点，无裂缝，具有光泽，过脏的蛋和破蛋常被细菌污染，容易腐败，不应用于孵化。另外，种蛋尽量少用水洗，因为水洗蛋，容易使壳面胶质脱落，微生物容易侵入内部，蛋内水分也容易蒸发。
④蛋壳的结构要正常。蛋壳表面纹理应致密均匀、光滑，无皱折或凹凸不平等畸形。蛋壳过薄、壳面粗糙的“沙皮蛋”和蛋壳过于坚硬的“钢皮蛋”都不能用来孵化，钢皮蛋以手敲之声音发脆。
⑤蛋壳颜色应符合品种标准。纯种鸡的鸡蛋壳色一致，上无斑点。
⑥蛋壳的厚度应适中。种蛋的蛋壳厚度应在0.33～0.35毫米。厚度小于0.27毫米时即为薄壳蛋，这种蛋水分蒸发较快，易被微生物侵入，又易破损。反之，蛋壳太厚（0.45毫米以上），水分不易蒸发，气*换困难，鸡胚不易啄破蛋壳而往往闷死。
另外还可进行光照透视检验，这种方法可以更进一步判断种蛋的质量。新鲜种蛋气室很小，蛋黄浮映蛋内清晰可见，并随蛋的转动而慢慢转动，稀、浓两种蛋白浓度均匀易辨别，蛋内无异物，蛋黄上的胚盘尚看不见，蛋黄表面无血丝、血块。若发现气室很大，蛋黄颜色变暗，蛋黄上甚至有血管，那就是陈旧的蛋，保存不善受热所引起。若发现蛋内容物全部变黑，这是因为保存时间过长，细菌侵入蛋内，使蛋白分解腐败已成臭蛋。如果发现蛋黄和蛋白混淆在一起，分辨不清，即为散黄蛋，产生散黄蛋的原因有三，一是剧烈震动；二是蛋白中的水分向蛋黄中渗透过多；三是细菌侵入。避免散黄蛋可以从两方面入手，一是运输过程中加强固定，并尽量选择平坦的道路或谨慎开车，避免种蛋剧烈震荡；二是储存过程中加强温湿度的调控管理，并加强卫生防护，防止细菌入侵。
“靠蛋”也是一辨别种蛋的方法，是较为古老传统的方法，既简单又适用。两手各拿3个鸡蛋，或一手拿两个，一手拿一个，轻轻互相敲碰，除去破蛋和响壳蛋，可同时配合观蛋形、壳色，听声音的方法进行辨别。
