1、获取的渠道不同；
2、拥有和处置的权限范围不同；
3、取得的权证不同。
1、获取的渠道不同：
小产权房是在农村集体土地上建设的房屋，未办理相关证件，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，亦称“乡产权房”。
使用权房主要是承租的公房或单位福利房。
2、拥有和处置的权限范围不同：
小产权房不能向非本集体成员的第三人转让或出售，只能在村集体成员内部转让、置换。
使用权房包括对房屋的占有、使用、收益、处置四种权能，最重要的是收益权和处置权。拥有一套住房的使用权，既能通过出租享有收益权，也享有有限度的处置权，可以“处分”房屋的上市转让或亲属继承等。
3、取得的权证不同：
小产权房没有国家发放的土地使用证和预售许可证，购房合同在国土房管局不会给予备案。所谓产权证亦不是真正合法有效的产权证。
使用权房没有产权证，其产权属于国家或集体。
一般住宅国家土地出让使用权年限是70年，无论是产权房，还是使用权房都不能超过这一土地使用年限。只不过使用权房为房管所或单位所有，与使用权房主是长期租赁关系。
产权单位对使用权房不能随便收回，即使有必要收回也应对使用权房主进行补偿。在遇到房屋拆迁时，使用权房屋在变成产权房后，能获得相应的拆迁补偿款。使用权房房主的亲属，与其居住满2年以上者，可办理继承手续。
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