其次，鱼类浮到水面也可能和暂时性的缺氧有关。从每年5月份开始，三峡库区的雨水开始增多，雨前空气湿度增加，气压变低，水中的溶解氧就会随之逃逸。这时候，鱼儿就需要到水面呼吸氧气，最常见的就是鲢鱼和鳙鱼（因为鲢鳙的耐低氧能力差，是库区最容易浮头的一类淡水鱼）。
最后，还与栖息地环境的改善有关。在长江边上，万州区构建了3000亩的“水下森林”，在江边浅滩广泛培植水草，为鱼儿提供了良好的栖息地。在万州区的21条主要河流中，水质均稳定保持在III类，长江干流的水质稳定在II类，水质环境也是相当优越。
除了这些“看得见的鱼群”之外，库区内还有很多难以被发现的鱼群，同样值得关注。万州段水域有三种珍稀的土著鱼，分别是长江鲟（达氏鲟）、胭脂鱼和岩原鲤。这些鱼数量稀少，种群密度低，并且同属于底栖性鱼类，因此很难被发现，但是其重要程度却不容忽视。
长江中的三种鲟鱼（白鲟已灭绝）
以长江胭脂鱼为例。野生的胭脂鱼是国家二级保护动物，其体色绚丽多彩，被誉为“亚洲美人鱼”；又因其背部高耸，犹如船帆，因此也被业内称为“一帆风顺”。四川渔民有句老话，叫“千斤腊子万斤象，黄排大了不像样”，这里的“黄排”指的就是胭脂鱼，可见这种鱼早已广为人知。
