有氧呼吸的三个阶段：
第一阶段：C6H12O6酶→2C3H4O3+4[H]+少量能量 ；
第二阶段：2C3H4O3+6H2O酶→20[H]+6CO2+少量能量；
第三阶段：24[H]+6O2→12H2O+大量能量。
有氧呼吸细胞或微生物在氧的参与下，通过多种酶的催化作用，把有机物彻底氧化分解（通常以分解葡萄糖为主），产生二氧化碳和水，释放能量，合成大量ATP的过程。（例外：硝化细菌有氧呼吸产生硝酸和水）有氧呼吸在细胞质基质和线粒体中进行，且线粒体是细胞进行有氧呼吸的主要场所。
第一阶段：
在细胞质基质中发生，这一阶段不需要氧的参与。其中一个分子的葡萄糖分解成两个分子的丙酮酸，同时脱下4个[H](活化氢)；在葡萄糖分解的过程中释放出少量的能量，其中一部分能量用于合成ATP，产生少量的ATP。
第二阶段：
丙酮酸进入线粒体的基质中，两分子丙酮酸和6个水分子中的氢全部脱下，共脱下20个[H]，丙酮酸被氧化分解成二氧化碳；在此过程释放少量的能量，其中一部分用于合成ATP，产生少量的能量。同样这一阶段也不需要氧的参与。
第三阶段：
这一阶段是在线粒体的内膜上发生的，需要氧的参与。前两阶段脱下的共24个[H]与从外界吸收或叶绿体光合作用产生的6个O2结合成水；在此过程中释放大量的能量，其中一部分能量用于合成ATP，产生大量的能量。
