没有。四合院全是平房。
你说的二层叫阁楼或其他，在王府能见到。不属于四合院的建筑体系。
正房，就是在院落中位置处于正中、且坐北朝南的房子，与厢房相对，多为家中主人或者地位尊贵的人居住（比如户主夫妇或者户主的父母）。
我见过的明清时代遗留下来的古建筑不多，记得去山东曲阜孔府旅游时，发现孔府后宅的正房就是两层的。
孔府又称衍圣公府，位于我国山东省曲阜市曲阜古城内孔庙的东侧，是孔子的嫡派子孙也就是世袭衍圣公所居住的府邸，被人称作“天下第一家”。现在我们看到的孔府是清朝光绪十一年（1885年）重建的。
孔府后宅是衍圣公及其家眷居住的地方，其中正房分为前堂楼和后堂楼。前堂楼是第七十六代衍圣公孔令贻和夫人陶氏的卧室。后堂楼是后堂楼是末代衍圣公孔德成的住宅。
由此可知明清时代，正房是有二层的。
