专项审计报告的主要内容应包含：
①说明委托方以及审计目的。
②说明会计责任、审计责任和审计的依据。 ①公司名称、注册日期、法定代表人等基本信息。 ②简述项目情况。 ①项目申报的时间、名称、合同签订时间等等。 ②项目投资总额。
③创新基金的用途。
④项目合同规定的各项经济指标情况。 ①资金到位情况。 ②资金支出情况。 ③项目各项经济指标完成情况。五、报告附注 ①会计政策注释。 ②企业适用税种及税率。 ③主要财务指标注释。专项审计调查报告： 专项审计调查报告是专项审计调查工作结束后，专项审计调查组向审计机关提出的报告。撰写专项审计调查报告的要求： ①专项审计调查报告应当事实清楚，数据准确。 ②专项审计调查报告应当实事求是，客观公正。 ③专项审计调查报告应当内容完整，重点突出。 ④结构紧凑，逻辑清晰。
