一、换水清理
想要清理鱼粪，可以在换水的时候进行。一般鱼儿的粪便会沉底，所以需要找一根管子通到底部，用虹吸法将水吸出，这样也能带着粪便出来，从而起到清理的效果。抽完水后，再将准备好的新水慢慢兑入缸内就可以了。
二、加强过滤
如果觉得定期清理太繁琐，可以用过滤的方式将其滤出。过滤分为两种，一种是物理过滤，可以将粪便抽到滤槽中，但这只是让它从鱼缸里消失了，并不是真正的清理，想要避免其污染水质，还需要生物过滤，它在分解后会被转化，从而避免产生对鱼儿有害的物质。
1、生物清理
鱼缸鱼屎太多，可采取生物清理。可在缸内养殖黑壳虾、清道夫或螺类，这些生物能将缸内的鱼屎清理干净。但需注意的是，黑壳虾往往会成为一些鱼类的食物，在混养时需规避风险。并且螺类建议选择汽水螺，避免在缸内大量繁殖。
2、换水清理
日常在给鱼缸换水的同时，也可清理掉缸底的粪便。由于在换水时，需先抽出水分，抽水可直接从鱼缸底部开始，只要没有铺设底砂，就可将缸底的鱼屎都抽干净，能起到较好的清洁效果，之后可沿着鱼缸壁缓慢的倒入清水。
3、过滤清理
还可采用过滤的方法来清理缸底的鱼屎，可在缸内假装过滤系统，水流能将鱼屎带入过滤盒中，就能清理掉鱼屎，之后鱼屎会被分解，产生的氨氮会被硝化菌所转化，从而保证了水体的干净卫生。
