这种育种也叫三系杂交。随着我国劳动力成本的增长,辣椒制种成本也愈来愈高,再加上繁种市场的不规范,亲本流失情况越来越严重,越来越多的单位开始研究辣椒三系杂交制种技术,来保护亲本,降低制种成本。
利用雄性不育系繁殖一代杂种，可以避免人工去雄所 需的大量劳力，而且避免了去雄不及时、不彻底所造成的假 杂种。
利用细胞质遗传的雄性不育系制种时至少需要两个隔离区，即亲本（两用系和恢复系）留种区和杂交种子制种区。(1)两用系和恢复系留种区：在隔离区内种植雄性不育两用系，用两用系中的50%不育株作母本，两用系中的50%可育株作父本，进行人工辅助授粉，从50%不育株采收的种子仍为两用系，供配制一代杂种及自身繁殖用。
另50%可育株在完成授粉后种子成熟前全部拔除。在另一隔离区内种植恢复系，自交采种即可。十九、竦椒采种技术(2)杂交种子制种区：在此区内繁殖一代杂交种。以两用系为母本、恢复系作父本，按（6~8) : 1种植，母本开花前或开花初期彻底拔除其中的50%可育株。
以两用系中留下的50%不育株为母本，花期人工辅助杂交，从不育系上釆收的种子为一代杂种，供生产使用。 父本系上采收的自交种子仍为父本系，供下轮配制杂种用及自身繁殖用（实际当前制种中均将父本在授粉结束后拔除）。两个隔离区的其他管理方法与人工去雄授粉的相同。
