《合同法》第五十八条规定，合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条明确，建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。第三条明确，建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：
(一)修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持;
(二)修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。
因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
因此，建设工程施工合同被认定无效后，结算协议如果符合上述法律规定及司法解释的要求是可以有效执行的。
