1999年，济南市再度启动轨道交通论证，委托北京城建设计发展集团股份有限公司(编制《济南市快速轨道交通线网规划》。一年后，又成立了济南市轨道交通筹建处。但当时，在济南趵突泉连续停喷的大背景下，济南方面担心地铁对“泉脉”造成影响，这导致济南地铁项目再次错失良机。
趵突泉曾经多次停喷
2002年9月，省市政府邀请六位院士来到济南专门咨询地铁对泉水的影响。专家们的意见都比较谨慎，地质专家卢耀如院士表示，“再让名泉长期断流，将成为千古罪人”，不赞成把地铁修到泉底下，因为泉水通道一旦破坏，是无法恢复的。之后，济南地铁被搁置下来进行“充分论证和规划”，轨道交通筹建处再次被撤销。
济南地铁第二次梦碎。
拥堵的经十路
2010年济南再次邀请卢耀如等院士对《泉水影响研究报告》进行评审，专家们这次基本达成一致：济南市建设轨道交通工程十分必要和迫切，已经具备修建轨道交通(地铁)的条件，泉水保护研究成果可作为地铁线网规划的依据。
但直到2015年，发改委才批复济南三条轨道交通即R1、R2、R3线。之前5年期间发生了什么，只有当时主政者知道。
2018年调整批复后的一期建设规划
2015年7月，济南轨道交通1号线开工建设，但“泉水”依然是悬在“泉城”头顶的达摩克里斯之剑。为了保护泉水，济南轨道交通集团、山东大学、山东省地矿工程勘察院等单位联合研发了济南地铁基坑降水与回灌保泉关键技术，施工中抽出的地下水八成都可以回灌到地下，实现地下水原位回灌，起到保泉作用。
