结局中士郎打败言峰绮礼，他原本想再将圣杯摧毁掉，但却因为内心害怕而犹豫了起来，这个时候伊莉雅出现，还问士郎想不想活下去，士郎当然想活着，所以伊莉雅走进圣杯，发动了真正的第三魔法天之杯，士郎的身体因此化为飞灰，但灵魂却因此物质化，被保存了下来。
之后凛和樱找到了一位冠位人偶师，让她帮忙做一个人偶，这个人偶就是用来放士郎灵魂的，这也是士郎的新身体。士郎因此得以复活，重获新生，他和樱也终于走到了一起，收获了一个幸福圆满的大结局，喜欢这一对的观众们都很为他们感到高兴。
第三中的结局就是卫宫士郎英灵化战胜了黑化的saber还有黑化的樱，以及麻婆豆腐，成功将樱解救了出来。
