1、病原不同。
早疫病病原为茄链格孢晚疫病病原为辣椒疫霉菌。
2、苗期发病的特征不同。
早疫病多在辣椒幼苗3-5叶期发生，导致叶尖和顶芽腐烂，形成无顶苗。
晚疫病茎基部呈暗绿色水浸状软腐或者猝倒，因此又被称为苗期猝倒病。
3、成株期发病的特征不同。
早疫病叶片受害后，在发病初期呈水渍暗褐色的小斑点，随后扩大呈圆形或椭圆形；而茎部被害后呈灰褐色的椭圆形，稍凹陷。
晚疫病叶片染病后会出现污褐色且边缘不明显的病斑，而病叶会很快湿腐脱落；茎染病后，在发病初期，有水浸状的斑，病情扩展后就会变成“黑杆”。
辣椒早疫病和晚疫病的病原体不同；辣椒早疫病的病原菌是Alternaria solani。辣椒晚疫病的病原菌是辣椒疫霉。辣椒早疫病和晚疫病的区别 苗期病害特点不同； 辣椒早疫病多发生在辣椒幼苗3-5叶期，引起叶尖和顶芽腐烂，形成光顶苗。
辣椒晚疫病的特点是茎基部呈深绿色水浸软腐病或立枯病，故又称苗猝倒病。
