第一个问题，不一定。假设我们所说的个体都是二倍体，就某个基因座位来说，纯合的话那这对儿等位基因长度肯定相等；杂合的话有一种情况就是其中一条等位基因出现碱基缺失或插入，甚至有可能是被逆转座子插入，当然更普遍的情况是一对儿杂合的等位基因具有数个SNP。
第二个问题，不清楚这种情况是否具有普遍性，也没听说过串联重复多态性这个词，但是我看过一篇关于苹果果肉颜色的文章上面提到了Myb10基因启动子区的某段重复序列数目不同的情况，如果这个基因是杂合的话就符合这种情况了。不过可以肯定同源染色体碱基数不会是绝对相等的。
可以，等位基因是由基因突变而来，基因突变过程中发生了碱基数目的增添、缺失和替换，因此等位基因可以存在碱基数目和排列顺序的不同。
