TV的结局很简单 1是没钱了 只能做成意识流形态 2是回归主题，人类补完计划，最后两话就在讲真嗣的内心补完的事 你可以理解为真嗣在审视自己，并且想通了很多事，所以最后结局 感觉好像是个HAPPY END AIR/真心为你开始正儿八经的人类补完计划，即所有人回归莉莉丝本体。而且剧场版还有TV的集数，你可以理解为25 26是让观众做了个梦 而27则回到了显示开始人类补完计划。
在战自的攻击之下，葛城美里不但要完成加持良治未完成的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护真嗣与明日香以及防备Seele对初号机与二号机的物理接触，她的忙碌直至被战自的流弹击中为止。出于对碇源堂的憎恨，赤木律子接受了Seele引爆MAGI的提案，但拥有赤木尚子思维方式的MAGI选择了碇源堂而放弃了自己的女儿，拒绝了自爆的提议。
之后，律子被源堂射*。根据《死海文书》所记载，十数年后一定会引起第三次浩劫，Seele需要所有的EVA去完成《人类补完计划》。他们一方面告知战自NERV企图引发第三次浩劫，挑动战自攻击NERV，另一方面指挥量产机与EVA作战。Seele使用如此残虐的手段，其目的是——改变人类物质存在方式的通过仪式。
长期与Seele共事的碇源堂、冬月幸增、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，将人类引导入“新的世界”而酝酿了他们自己的“人类补完计划”。碇唯于2004年作为“被试验者”在试验中消失，十年后，源堂与冬月希望通过丽与莉莉斯的融合去补完人类，但在那之前，源堂希望能与碇唯相聚。“人类补完计划”实行——除真嗣与明日香之外，全人类失去了物质形态与绝对领域，融合成了一个整体。
