两者处理纠纷的机构不同。
1、仲裁由当地仲裁委受理，其监督机构是中国仲裁协会;诉讼由法院受理，监督机构是检察院。
2、一旦合同双方约定选择仲裁解决合同纠纷，就不能到法院再进行诉讼。
3、仲裁按照自愿原则，诉讼则不以另一方意志为转移。
4、受案范围不同，仲裁只能受理平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，而法院则可以受理各类纠纷。
5、程序不同，仲裁是一裁终局制，申请撤销时法院一般不再从实体进行审查，如程序中有明显错误时可以撤销;诉讼如对一审不服还可以上诉，二审不服可在二年内申请再审。
6、仲裁庭审理案件通常案情不公开，裁决不公开;人民法院实行案件公开审理原则，但依法不应公开审理的除外
