在有氧状态下,利用细胞膜和细胞质的酶系进行有氧呼吸；在无氧状态下,利用细胞质中的酶系进行无氧呼吸.大多数化能自养细菌、醋酸杆菌、枯草杆菌、结核杆菌、固氮菌等均为专性好氧细菌.好氧性细菌的有氧呼吸第一个阶段发生的场所在细胞质内,产生的丙酮酸进入三羧酸循环（简称TCA循环）,被彻底氧化生成CO2和水,同时释放大量能量.因其呼吸链组分在细胞膜上,所以好氧性细胞进行有氧呼吸的场所应该是细胞质和细胞膜,而主要在细胞膜上进行.
总之,需氧型细菌（如蓝藻、根瘤菌）有氧呼吸的场所是在细胞膜以及细胞质,厌氧型细菌（如乳酸菌）无氧呼吸的场所是在细胞质.
