目前游戏王的主流卡组有十二兽、龙辉巧、魔救、完全体恐龙、影依、奇迹菜、电脑堺、电子龙、英雄、终末英雄、闪刀姬、食物链等。其中以十二兽、龙辉巧、魔救为最强三剑客。这些卡组都拥有强大的操作力、卡手容易解决的优点，而且都具备被处理后复制利用的能力，整体上可以说构筑非常稳定，也很适合各种环境适应。
目前游戏王主流卡组有很多，其中最强的可能是“空牙团”，这个卡组利用空牙轮逐渐压制对手，配合强大的陷阱卡和反击牌来控场，直到打出致胜条件。
“闪刀姬”也是近期非常火爆的一款卡组，以强大的速攻和连锁反应为特点，极度考验玩家的操作技巧，瑕不掩瑜的多种扰乱对手的手牌能力也非常强大。
“Zoo”卡组也一度统治游戏王赛场，利用动物类怪兽的效果进行搜索和召唤，构筑出极为灵活的场面以迅速取胜。
