华佗死于曹操之手，但《三国演义》《三国志》对华佗的死发生时间和原因都不相同。
在《三国演义》里是这样描述的。说曹操在洛阳，自葬关公后，每夜合眼便见关公。操甚惊惧，睡卧不安，头脑疼痛不可忍。有一日，华歆入奏曰：“大王知有神医华佗否？”操曰：“虽闻其名，未知其术。”歆曰：“华佗字元化，沛国谯郡人也。其医术之妙，世所罕有。但有患者，或用药，或用针，或用灸，随手而愈。若患五脏六腑之疾，药不能效者，以‘麻肺汤’饮之，令病者如醉死，却用尖刀割开其腹，以药汤洗其脏腑，病人略无疼痛。洗毕，然后以药线缝口，用药敷之，或一月，或二十日，即平复矣，其神妙如此。大王何不召之？”
操即差人星夜请华佗入内，令诊脉视疾。佗曰：“大王头脑疼痛，因患风而起。病根在脑袋中，风涎不能出，枉服汤药，不可治疗。某有一法：先饮麻肺汤，然后用利斧砍开脑袋，取出风涎，方可除根。”操大怒曰：“汝要*孤耶！”佗曰：“大王曾闻关公中毒箭，伤其右臂，某刮骨疗毒，关公略无惧色。今大王小可之疾，何多疑焉？”操曰：“臂痛可刮，脑袋安可砍开?汝必与关公情熟，乘此机会欲报仇耳！” 呼左右拿下狱中，拷问其情。贾诩谏曰：“似此良医，世罕其匹，未可废也。”操叱曰：“此人欲乘机害我，正与吉平无异。”急令追拷。旬日之后，华佗死于狱中。
曹操自*华佗之后，病势愈重，操召曹洪、陈群、贾诩、司马懿等同至卧榻前，嘱以后事。孤今病危，不能再与卿等相叙，特以家事相托。四子：丕、彰、植、熊，孤平生所爱第三子植，为人虚华少诚实，嗜酒放纵，因此不立。次子曹彰，勇而无谋。四子曹熊，多病难保。惟长子曹丕，笃厚恭谨，可继我业，卿等宜辅佐之。曹洪等涕泣领命而出。又遗命于彰德府讲武城外，设立疑冢七十二：“勿令后人知吾葬处，恐为人所发掘故也。”嘱毕，长叹一声，泪如雨下。须臾，气绝而死。寿六十六岁，时建安二十五年春正月也。
也就是说曹操被头疾困扰，请华佗医治，华佗提出用利斧砍开曹操脑袋，取出脑中风涎，即可除根的医治办法，然而曹操多疑，认为华佗是想替死去的关羽报仇，所以才给他开颅，一气之下*了华佗。这是小说里曹操*华佗的情节。发生时间应该在建安二十五年正月或建安二十四年底。
在《三国志·方技传》里记载：“太祖（曹操）亲理，得病篙笃， 使佗专视。佗曰：“此近难济，恒事攻治，可延岁月。”佗久远家思归，因曰：“当得家书，方欲暂还耳。”到家，辞以妻病，数乞期不反。太祖累书呼，又敕郡县发遣。佗恃能厌食事，犹不上道。太祖大怒，使人往检，若妻信病，赐小豆四十斛，宽假限日。若其虚诈，便收送之。于是传付许狱，考验首服。荀彧请曰：“佗术实工，人命所县， 宜含宥之。”太祖曰：“不忧，天下当无此鼠辈耶?”遂考竟佗。佗临死，出一卷书与狱吏，曰：“此可以活人。”吏畏法不受，佗亦不强，索火烧之。佗死后，太祖头风未除。太祖曰：“佗能愈此。小人养吾病，欲以自重，然吾不*此子，亦终当不为我断此根原耳。”及后爱子仓舒病因，太祖叹曰：“吾侮*华佗，令此儿强死也。”
也就是说曹操*华佗发生在建安十三年，原因是华佗以妻子病重推辞自己请他为自己治病，经过曹操调查发现此事是华佗用来糊弄自己的，于是抓华佗入狱后*之。
《三国志·武帝纪》记载：曹操死于“二十五年春正月，至洛阳。庚子，王崩于洛阳，年六十六。”曹操比华佗多活了12年。著名的华佗给关羽刮骨疗伤一事也是罗贯中先生的艺术创造，毕竟华佗死于建安十三年。而关羽中毒箭是在“水淹七军”之时，时间是建安二十四年。
《三国演义》里的情节完全不符合正史，而罗贯中先生之所以会设置这样的情节，目的是为了丑化曹操的形象罢了。虽然《三国演义》中没有给出符合史实的华佗之死的原因，但是有一点罗贯中先生却没有自由发挥，那就是华佗的确死于曹操之手。华佗死于建安十三年，正好是曹操大破袁绍的时候，在这特殊时候，曹操不仅仅要施恩于百姓，同时也要树立威信，当神医华佗在这时候，不合时宜的屡召不至时，自然会惹怒曹操，后果是被剥夺生命。
华佗是一个医术天才，医术高明，声名远播，实力不同凡响，并且桀骜不驯，《后汉书》记载他：“为人性恶，难得意，且耻以医见业！”。华佗即以医术为业，心中也常感懊悔（中国封建社会中医生属于“方技”，被视为“贱业”）。《后汉书》记载宰相陈圭，太尉黄婉都曾举荐过华佗为官，却被华佗推辞了。华佗不愿卷入官场中，又不在乎世俗声明，他的内心是矛盾的，他虽然行医救人，却又不是一般医生那样还想着收获个好名声，他个性强烈，极具有反叛精神。华佗个性如此，心里看不起的人多的是，所以对曹操肯定也是不服气的，所以才招来*身之祸，而曹操事后也为此愧疚过。总之，华佗的死是整个古代医学的损失。
