当你拿到一张测试后的分数表的时候，看到有人的分数颇高，排名靠前，最多也就是感到羡慕。但如果你发现一个人的各科分数都保持在一条分数线上的话（当然不是0分），那这个人带给你的印象可能就是高深莫测了，真正厉害的人不是能拿多高的分，而是想拿多少分就拿多少分。这类人能够很好地控制事情的发展，根据自己的需要安排出场顺序，真是恐怖如斯。
《欢迎来到实力至上主义的教室》中的男主正是一个拥有这般恐怖实力的大佬。
绫小路清隆（也就是该番的男主）是一名就读于一所几乎百分之百实现升学与就业的全国首屈一指的名校──高度育成高中的新晋中学生。这间学校使用了最先进的设备，而且每个月还会给予学生价值10万日元的点数，也允许自由选择发型和携带私人物品。简直就是一个乐园般的学校。
唯有优秀者才能享受优待的实力至上主义学校。因为某些理由而在入学考试中故意放水后（也就是男主为了隐藏实力，故意控制分数），主人公·绫小路清隆在入学考试时精准地将所有考试成绩压制在50分整，被分配到聚集了问题学生的最底层班级·D班。
在那里，他遇见了成绩优异但性格却有大问题的美少女·堀北铃音，以及由体贴与温柔所构成的天使般的少女·栉田桔梗。与她们的相遇，使清隆的态度逐渐产生改变。
