每当拿到一个质粒图谱，第一反应就是一脸懵，这是什么玩意？这些ori、RBS、tet是什么鬼？这些箭头代表什么，转录的方向吗？为什么都不相同，不会“撞车”么？这玩意究竟怎么看啊？
质粒图谱为质粒DNA序列的物理图谱，提供了包括质粒的大小、筛选标记、克隆位点、转录及翻译元件等信息，为我们选择质粒、了解质粒特点及应用提供了重要依据，那我们如何辨识质粒图谱呢？
看懂质粒图谱的4个要点
- 复制起点，它控制着质粒的复制，并决定了质粒的宿主和拷贝数。
- 筛选标记，了解筛选标记类型，方便后续确定筛选*质粒载体的方法。
- 多克隆位点，既外源基因的插入位点。
- 其他元件，如转录调控元件、翻译表达元件和蛋白标签等。
质粒的主要构成元件
1复制起始位点Ori
即控制复制起始的位点。Ori的箭头指复制方向，其他元件标注的箭头多指转录方向(正向)。
图谱上只有一个ori，表示质粒是原核克隆及表达质粒， 图谱上有两个ori，则表示该质粒是穿梭质粒，既可以在原核也可以在真核中复制。
2抗生素抗性基因
图谱中的AmpR、KanaR等表示质粒载体中的筛选标签，多为抗生素抗性基因，方便后续通过抗生素筛选阳性克隆。特点是单词最后会以大写R或上标r结束。
只在一种宿主中复制的质粒仅具有一种抗性筛选标记，如原核克隆载体和原核表达载体；能够在两种类型宿主中复制和表达的载体会具有两种筛选标记，如穿梭质粒。
可以便于加以检测
- Ampr：水解β-内酰胺环，解除氨苄的毒性。
- tetr ：可以阻止四环素进入细胞。
- camr：生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。
- neor(kanr)：氨基糖苷磷酸转移酶，使G418(卡那霉素衍生物)失活。
- hygr：使潮霉素β失活。
3多克隆位点
图谱中的MCS区或者许多内切酶集中的部分，就是质粒的多克隆位点。多克隆位点为一系列限制性内切酶酶切位点，是外源DNA的插入位点，一般可通过酶切后连接的方式将外源DNA插入质粒。
图谱中的MCS区或者许多内切酶集中的部分，就是质粒的多克隆位点。多克隆位点为一系列限制性内切酶酶切位点，是外源DNA的插入位点，一般可通过酶切后连接的方式将外源DNA插入质粒。多克隆位点一般位于转录启动和转录终止信号之间。
4其他元件
质粒载体中除复制起始位点、筛选标记、多克隆位点外，还具有其他一些表达或调控元件，如转录调控元件、翻译调控元件和融合表达标签蛋白等。
P/E：启动子/增强子；Terms：终止信号；加poly(A)信号：可以起到稳定mRNA的作用等等。
解读质粒图谱
知道了这些基础知识，再回过头看看如何阅读质粒图谱：
1看箭头方向
一般质粒都会有箭头，箭头有两种解释：一种是转录方向，转录方向主要是由启动子开始的一个箭头，是启动子启动序列的顺序。另一种是复制起始位点的方向，复制起始位点就是该质粒在大肠杆菌等细菌或真菌中DNA复制的一个方向。
2看各种标签
① ori:DNA复制起始位点，一般在大肠杆菌中是pUC类的，还有一种F1启动子(图上的f1ori)代表的是噬菌体的复制起始方向，只能复制出单链的DNA，可以用来测序。
② P:一般是代表启动子，这个质粒上用的是一个CMV启动子，来启动后面的表达蛋白。常见的启动子有：CMV、EF1(启动长片段)，H1、U6(启动短片段，比如shRNA)。
