质粒图谱为质粒DNA序列的物理图谱，提供了包括质粒的大小、筛选标记、克隆位点、转录及翻译元件等信息，为我们选择质粒、了解质粒特点及应用提供了重要依据。对于初学者来说改如何去阅读质粒图谱呢？今天来给大家讲解一下如何阅读质粒图谱，底部还有质粒、酶切切点选择的相关教学视频。
质粒的组成要素有哪些
- 复制起始位点：Ori 即控制复制起始的位点。原核生物 DNA 分子中只有一个复制起始点。而真核生物 DNA 分子有多个复制起始位点。
- 抗生素抗性基因：可以便于加以检测，如 Amp ,Kan 。
- 多克隆位点MCS：克隆携带外源基因片段。
- P/E 启动子/增强子
- Terms 终止信号
- 加poly（A）信号：可以起到稳定 mRNA 作用
如何阅读质粒图谱
第一步：首先看 Ori 的位置，了解质粒的类型（原核/真核/穿梭质粒）。
第二步：再看筛选标记，如抗性，决定使用什么筛选标记。
- Ampr 水解 β－内酰胺环，解除氨苄的毒性。
- tetr 可以阻止四环素进入细胞。
- camr 生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。
- neor（kanr） 氨基糖苷磷酸转移酶 使 G418（长那霉素衍生物）失活。
- hygr 使潮霉素 β 失活。
第三步：看多克隆位点（MCS）。
它具有多个限制酶的单一切点。便于外源基因的插入。如果在这些位点外有外源基因的插入，会导致某种标志基因的失活，而便于筛选。决定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。
第四步：再看外源 DNA 插入片段大小。
质粒一般只能容纳小于 10 Kb 的外源 DNA 片段。一般来说，外源 DNA 片段越长，越难插入，越不稳定，转化效率越低。
第五步：是否含有表达系统元件，即启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号。
这是用来区别克隆载体与表达载体。克隆载体中加入一些与表达调控有关的元件即成为表达载体。选用那种载体，还是要以实验目的为准绳。
启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号
- 启动子－促进 DNA 转录的 DNA 顺序，这个 DNA 区域常在基因或操纵子编码顺序的上游，是 DNA 分子上可以与 RNApol 特异性结合并使之开始转录的部位，但启动子本身不被转录。
- 增强子/沉默子－为真核基因组（包括真核病毒基因组）中的一种具有增强邻近基因转录过程的调控顺序。其作用与增强子所在的位置或方向无关。即在所调控基因上游或下游均可发挥作用。/沉默子－负增强子，负调控序列。
- 核糖体结合位点/起始密码/ SD 序列（Rbs/AGU/SDs）：mRNA 有核糖体的两个结合位点，对于原核而言是 AUG（起始密码）和 SD 序列。
- 转录终止顺序（终止子）/翻译终止密码子：结构基因的最后一个外显子中有一个 AATAAA 的保守序列，此位点 down－stream 有一段 GT 或 T 富丰区，这 2 部分共同构成 poly（A）加尾信号。结构基因的最后一个外显子中有一个 AATAAA 的保守序列，此位点 down－stream 有一段 GT 或 T 富丰区，这 2 部分共同构成 poly（A）加尾信号。
第六步：质粒图谱上的箭头。
有的箭头顺时针有的箭头逆时针，那其实是代表两条 DNA 链，即质粒是环状双链 DNA，它的启动子等在其中一条链上，而它的抗性基因在另一条链上。
文章来源：每日生物评论，*每日生物评论
