盐碱地土壤具有高盐度和高碱性，通常是由于地下水位过高、排水不畅或灌溉不当等原因导致的，当土壤排水不良时，水分蒸发后，土壤中的盐分得不到有效的冲刷，就会逐渐积累导致盐碱化。
水分中的盐分当土壤中盐分含量过高，超过了植物所能耐受的范围时，盐分会毒害植物的根系，干扰水分和养分的吸收，导致植物生长受阻，还会对植物造成渗透压差，引发水分胁迫。
高盐度会引起土壤结构的紧密化，降低土壤透气性和水分渗透性，使根系无法生长和发育。
盐碱地土壤中碱性物质（如碳酸盐）过高，导致土壤的pH值升高，会影响植物根系吸收养分的能力，造成养分缺乏。一般来说，只有土壤pH值在6.5~7时，土壤养分的活性才处于最大值，而重度盐碱地的土壤pH值多在9.5以上。
高盐度和高碱性还将影响土壤微生物活动，降低土壤肥力。排水不良和水分蒸发速度过快，也会导致养分流失加剧，使土壤日渐贫瘠。
盐碱地为何难以治理？土地一旦盐碱化就会陷入恶性循环，几乎难以恢复。
盐碱地的土壤结构被破坏，形成致密的土壤层，阻碍水分渗透和根系的生长，这使得盐分和水分更难以在土壤中均匀分布，加剧土壤的盐碱化。
土壤中某些关键营养元素的不平衡，如钾、磷、氮等，限制着植物的生长和代谢，降低微生物的活性和多样性。
如此，土壤的生态系统逐渐被破坏，自我生物修复和生态恢复能力大打折扣。
这诸多不利条件使植被在盐碱地难以生存繁衍，而没有植物根系支撑的土壤稳定性降低，又加速了风蚀和水蚀。
耐碱基因的研究至关重要盐碱地广泛分布于全球，多位于干旱和半干旱地区，其中气候干燥、降水稀少以及排水不良的地区最容易形成盐碱地。
土壤盐碱化早已是全球性问题，如今全球盐碱地总面积达9亿公顷，其中大部分位于亚洲、非洲和澳洲。
我国是全球盐碱地面积最大的国家之一，总面积大约有15亿亩，约占全球盐碱地面积的十分之一，主要分布在西北方的内陆地势低洼的盆地和平原以及东部沿海地区，这些地区常年蒸发量大，水分含盐量高，土壤中的盐分和碱性物质难以排除，不适宜农业生产。
