被狙击的嫌疑人身份已经确定，但是不排除存在伪造的可能，所以还需要进一步调查。对方狙击手使用的枪械也不是普通的枪支，这突然出现的三个人和之前的嫌疑人完全不一样，而这一切的发生都是在比目鱼接管K集团之后发生的，现在正是一个危险的时候，所有人都不能放松。
洪少秋在会上做出了大胆的假设，从刘子岸的死到郑婉芝的落网，这冥冥之中似乎有人在操纵，目的就是为了让所有人误以为案子已经结清，这样的话，对方的目的才能达成。洪少秋想要将计就计，在内部做出总结，让敌人误以为我们中了计，然后我们暗中撒网，将敌人一网打尽。这个提议很危险，周局很是犹豫。叶晗却意外的支持了洪少秋的主张，在现阶段并没有其他可靠的方法。
叶晗问起洪少秋对高一天的看法，洪少秋不敢轻言下定论，但是高一天的危险性还是存在的，洪少秋拿出高一天上次出海的坐标，申请周局派人仔细去搜查，周局应下。洪少秋和众人找到了坐标，成功的打捞出了一块装置，装置的位置就在海隆号下水的地方的，只要海隆号下水，它就可以轻而易举的窃取海隆号的数据。叶晗再次检查了高一天赠送的手表和项链，依旧没有发现什么问题。
江源传来好消息，米小冉已经成功渡过危险期。江源很是紧张米小冉，衣不解带的守在病床边，照顾米小冉的衣食起居。
洪少秋申请进入海隆号，技术处临时赶制出了一款反干扰装置，一个装在指挥室，另外一个要装在有干扰源的地方，这两个装置配合起来就可以临时破坏有可能存在的敌方设备。反干扰设备是实时设备，必须人工操作，所以不能直接放入海隆号。周局拒绝了，洪少秋没有下水的经验。叶晗提出申请进入海隆号，她是技术精英，而且陆地上还有两个不定因素等着洪少秋去对付。周局经过深思熟虑之后，同意叶晗进入海隆号参加总装下水实验。
两天时间一晃而过，国安加强了对海陆两地的警戒，力求安全完成海隆号的总装下水实验。张西洋和两位副总工程师的脸上是自信的笑容，张妍担心海隆号，缠着高一天陪自己一同前往。张妍没有注意到高一天异常阴暗的眼神。
张妍进入海隆号的时候，洪少秋提醒她注意人身安全，张妍的技术没有问题，但是进入深海以后，不可控制因素太多。张妍笑着让洪少秋放心，跟着张西洋等人进入了海隆号。各系统检测完毕之后，海隆号开始入海。岂料海隆号刚下水救和总部失去了联系，洪少秋也发现无法联系上叶晗。肖卫回应发现强烈干扰信号，就在海隆号上。
海隆号里的众人发现了异常，海隆号失去了联系，叶晗很快就推断出海隆号上有一个巨大的干扰源，她建议立即返航。张西洋愕然，这是海隆号最后一次总装下水的机会，如果此次不能成功，那么海隆号就将失去意义。为了众人的安全考虑，张西洋还是下令返航，可智能系统突然失灵，海隆号呈现自由落体的情况。能解决这个问题的只有张妍，洪少秋立马给张妍打电话，得知对方被高一天接走，肖卫在探查高一天位置的时候，国安的指挥系统遭到了攻击。洪少秋的情绪有些紊乱，海隆号已经下潜到五千米，氧气系统也失灵了，氧气只能维持四个小时。
叶晗已经探查到信号干扰源就在海隆号的外体上，俨然就是张夫人六十岁大寿时，高一天偷偷潜入301安装在海隆号上的装置。叶晗利用T96的通讯系统联系上了指挥室，让洪少秋屏蔽了感染源，通讯系统恢复了，氧气系统却依旧处于瘫痪的状态。现在已经可以确定智能系统的数据被人篡改，除非可以作出一份新的智能系统，但是张妍失踪无疑是雪上加霜。
氧气不足，海隆号的众人感到呼吸困难，张西洋觉得这一切都是因为自己的疏漏，情绪有些失控，他对不起跟自己一起下水的众人。叶晗让他们相信自己，相信少秋，一定会有办法的。
洪少秋听取了商菲菲的建议，来到张妍办公室找出了智能系统的原文件，找出漏洞以后才可以修复文件。米小冉是黑客高手，带病协助工作，洪少秋发挥平生最大的能力，修复智能系统的漏洞。而肖卫等人赶到医院的冷藏室检查黑客的尸体。
第30集 - 大结局：成功恢复智能系统 专案组圆满完成任务
海隆号正在不断下沉，没有智能系统的缓冲，海隆号会直接接触海床，可能会造成海隆号机体的重创。叶晗连忙让众人检查自己的安全带，力保每个人的安全。周局等人也是盯着屏幕一动不动。强行接触海底的冲击力过大，没有人都收到了不小的波及，张西洋昏倒了，叶晗赶紧给张西洋喂药
周局让人地毯式搜索高一天的下落，肖卫取走黑客体内的微型干扰装置，指挥系统就恢复了。肖卫等人在智能系统恢复之后就赶紧搜索高一天的坐标，终于在华山西路找到了高一天的车辆。大秦赶紧带人赶了过去。周局呼喊叶晗的名字，叶晗已经没有力气恢复，氧气因为刚刚的撞击，已经消耗殆尽。周局立马派人去催促洪少秋，洪少秋和米小冉不敢耽搁，利用平生所学，终于恢复了智能系统。洪少秋拿着数据就赶回总指挥室，不知道闯了几个红灯，就想赶在氧气耗尽之前安装好新的智能系统。
新的智能系统传输量很大，速度很慢，氧气只余百分之十了，叶晗等人出现缺氧昏迷了过去。洪少秋等人费劲九牛二虎之力终于安装好了海隆号，但是海隆号的氧气系统已经到了极限，洪少秋的呼喊没有人回复，总指挥室陷入了悲伤，米小冉忍不住泪流满面。就在众人以为海隆号里的众人已经牺牲时，叶晗的咳嗽声响起，给大家带来了惊喜，海隆号的四人全都安然无恙。周局立马下令让海隆号返航，叶晗表示明白，众人脸上洋溢着新生的喜悦。张西洋等人收集完数据准备返航。
洪少秋收到了高一天的消息，想知道张妍的下落，就一个人赴约。洪少秋不敢轻举妄动，给周局发了条消息，就离开了总指挥室。大秦拦住了高一天的车辆，却发现高一天已经金蝉脱壳，成功逃离了国安的视线。而洪少秋先斩后奏的私自行动，让周局愁白了头。
海隆号成功返航，张西洋等人一登陆就立马接受了医生的全面检查。叶晗问起洪少秋的下落，得知他一个人去找高一天以后，连忙赶到工作岗位，寻找高一天的线索。洪少秋在一座山里看到了被绑在椅子上的张妍，张妍处于昏迷状态，他着急的想要跑过去，却被暗处的狙击手射伤了一条腿。洪少秋听到了高一天的声音，他现在已经确定了高一天就是比目鱼的身份。
张妍身边有个五千毫升的容器，而里面已经有一千毫升的血，正常人失血超过两千毫升必定死亡。高一天提出玩一个游戏，让洪少秋在张妍死亡之前救下她，就算洪少秋成功。在高一天眼中，所有人的命只是儿戏。洪少秋想趁其不备用石子砸醒张妍被狙击手米拉发现，射伤了洪少秋的一条手臂。
叶晗让肖卫查出当年渔翁去过的所有地方，最终将目标锁定在洪少秋所在的山上。叶晗带人及时赶到，帮洪少秋包扎伤口。洪少秋不肯撤离，他要保证张妍的安全，只有狙击手再次开枪，叶晗的人才能击毙对方。洪少秋不顾个人安危，上前救下了张妍，大秦也在对方开枪的前一秒确定了米拉的位置，击毙了对方。
叶晗让人送张妍和洪少秋回去，自己留下搜索高一天。洪少秋突然想起小丑的存在，担心叶晗的安危，带伤跑回了山里，遇见小丑拿枪对着叶晗，他想也不想的从背后射*了小丑，叶晗也被射伤了手臂。高一天中了一枪，带伤逃跑，却因为被恩威斯抛弃，在山里没人接应。洪少秋出血过多，枪都拿不稳，高一天趁机抢了他的枪，幸好叶晗等人及时赶到，救下了洪少秋。叶晗哭着抱住了晕死过去的洪少秋。
301案件到此终于落幕，众人都不禁在心里送了口气。海隆号的下水实验成功，国安的人也立了大功。案件结束之后，叶晗就离开了三岛市，离开之前，洪少秋和叶晗的感情也有了巨大的进展。
一年后，叶晗所在的省市发生了多起重大泄密案件，上司要求成立专案组，三十天破案，还特地为叶晗请了两个帮手。叶晗和米小冉拒绝，她觉得自己有能力完成。两个帮手到了之后，叶晗哭笑不得，门外站的俨然是洪少秋和江源。时光彷佛回到一年前，这一切都是缘分。
