该技术是一种利用时变磁场作用于大脑皮层产生感应电流来改变皮层神经细胞的动作电位，从而影响脑内代谢和神经活动的磁刺激技术，是一种无痛无创、安全可靠的中枢神经和外周神经的刺激方法。已经逐渐成为临床常规和神经精神疾病的科研、诊断、康复、治疗、预后的基本技术,而且应用范围越来越大。
1.神经系统类疾病 TMS常用于诊断、治疗脑卒中、脊髓损伤、肌纤维痛、外周神经损伤、运动功能障碍，也可用于诊断和治疗癫痫、帕金森病、肌萎缩侧索硬化症、肌张力障碍性疾病、运动神经元疾病、多发性硬化、亨廷顿舞蹈症、吉兰-巴雷综合征、偏头痛等。
2.精神类疾病 常用于治疗药物难治性抑郁症、狂躁症、强迫症、创伤后应激障碍、精神分裂症、小儿多动症、孤独症、幻听、耳鸣、睡眠障碍等。
3. 其他疾病 可用于刺激膈肌运动、辅助呼吸;用于产后抑郁症、产后尿潴留、尿失禁;用于检测神经发育、治疗小儿脑瘫和其他神经精神性疾病;另外还可以治疗成瘾性疾病，如吸毒、抽烟、酗酒、上网成瘾等。
目前，康复医学科有四台经颅磁刺激仪和一台深部经颅磁刺激仪，成立集“评估、治疗、科研”为一体的神经调控治疗室，对帕金森震颤、运动迟缓，认知障碍，语言障碍等疾病有显著治疗效果。近年来逐步将TMS与近红外脑功能成像技术、脑电（EEG）、表面肌电（EMG）相结合展开研究，评估大脑皮层激活状态，测定神经传导速度，探索神经元调节作用、各脑区的功能、关联脑区间的相互作用。对神经、精神等方面的疾病进行评估和治疗，为以后在该方面的基础研究和临床诊断与治疗，预后判断做准备。同时开展TMS与神经导航系统相结合，进一步做到精准定位与精准治疗，提高患者的治疗效果。
