不少人了解了一些科学常识，就认为原子有99.99%是空的，既然如此，就感到奇怪：由原子组成的物质为什么又很多不透明，且很坚硬呢？这是一种似是而非的错误认识，我们今天就来把这个问题闹明白。
所谓原子有99.99%为“空”，是有人用原子核与原子相比，是很小很小的中间一个核心。这种小我们可以用一个例子直观比喻：如果这个原子核有鸟巢体育馆这么大，那么原子外壳就有地球大。但如果把这个鸟巢与地球比例之间当作是“空”，就大错特错了。
物质透明不透明，是原子分子的排列方式不一样，或不同原子对光子吸收程度不一样决定的，而不是原子空不空问题。玻璃看起来就透明的，但并没有“空”，玻璃比许多物质都硬呢。原子99.99%为空的概念本身就是错误的，是把原子体积与原子核体积之比当作了“空的”，把一般的生活常识拿到了物质的微观世界来类比。
有人常把一个原子想象成一个大空盒子，原子核就是空盒子中间的1只蚂蚁，而盒子围绕着蚂蚁整个空间都是空的，所以质疑：这个盒子既是空的为什么不透明呢？为什么还能够感觉到物体呢？即便这种比喻，难道你忘了，外面还有一层盒子？这层盒子难道就不可以阻隔你的视线和触感？
作为原子的外壳，就是电子，电子就像盒子一样，把原子核和所谓的“空间”包裹着，让物质都成为有形的实体。
原子由原子核和核外电子组成，一般把原子的数量级定为约10^-10m（米），也就是0.0000000001m；原子核的数量级约10^-14~10^-15m，也就是0.00000000000001~0.000000000000001m。原子核比原子直径要小10000~100000倍。因此，原子核的确很小，只是一个原子体积的万亿分之一，甚至千万亿分之一，而原子核的质量占有了整个原子的99.96%以上。
原子核质量为啥这么大呢？原来组成原子核的两种亚原子粒子都很重，这两种物质就是质子和中子。质子质量为1.6726x10^27kg，是电子质量的1836倍；中子质量为1.6929x10^-27kg，是电子质量的1858倍。因此质子和中子又叫重子，电子叫轻子，质量约9.10956x10^-31kg。
